Yo me decantaría por las de 2400mhz, ya que hoy en día sólo cuestan un poco más, pero además el 6800k las soporta oficialmente. Ir con 4 palos permitirá el canal cuádruple para que pueda obtener más rendimiento que el canal dual, pero que por lo general no importa para la mayoría de las cargas de trabajo.
En x99 me gusta ir en quad channel cuando es posible pero como solo tienes 4 dimms, entiendo que vayas en 2 channel por ahora para que puedas subir hasta 32GB. Si no tienes pensado llegar a los 32GB yo compraría 4 sticks. Si se trata de un PC de juegos, entonces 16 GB será probablemente todo lo que usted necesita.
El 6800k se supone que soporta mayores velocidades de ram, pero puedo decir que haswell-e fue golpear y perder con 3000 + mhz por lo que normalmente se pegó con 2400mhz y tiempos ajustados. Hasta ahora mi único 6800k construido fue con 2400mhz también. Hice un 5930k con 64GB de 3000mhz pero el overclock parece limitado por él a 4.35ghz; eso o simplemente mala suerte en la lotería.
Tenga en cuenta, normalmente por encima de 2666mhz el reloj base de la cpu se overclockea lo que afecta al reloj de la cpu. Sólo un FYI así 2400mhz es el más fácil de tratar. No estoy totalmente seguro en broadwell-e aunque en cuanto a cuando el reloj de la base necesita ser cambiado para el overclock del ram.