Se ha discutido la clasificación del Diario. Inicialmente se presentó y leyó como una obra de no ficción, pero en la década de 1780 se aceptó el estatus de ficción de la obra. Se siguió debatiendo si Defoe podía ser considerado el autor de la obra y no sólo su editor. Edward Wedlake Brayley escribió en 1835 que el Journal «enfáticamente, no es una ficción, no está basado en la ficción… se hace una gran injusticia a la memoria al representarlo así». Brayley se esmera en comparar el relato de Defoe con relatos conocidos de buena fe, como la Loimología del Dr. Nathaniel Hodges (1672), el diario de Samuel Pepys y La terrible voz de Dios en la ciudad por la peste y el fuego (1667) de Thomas Vincent, así como con fuentes primarias. Este punto de vista también fue sostenido por Watson Nicholson -escribiendo en 1919- quien argumentó que «no hay una sola declaración en el Diario, pertinente a la historia de la Gran Peste en Londres, que no haya sido verificada», y por lo tanto la obra puede ser considerada como «historia auténtica». Es, según Nicholson, «un registro fiel de los hechos históricos… así lo quiso su autor». Al menos un crítico literario moderno, Frank Bastian, ha coincidido en que «el detalle inventado es … pequeño e inesencial» y que el Diario «se sitúa más cerca de nuestra idea de historia que de la de ficción», y que «cualquier duda que quede sobre si etiquetarlo como «ficción» o «historia» surge de las ambigüedades inherentes a esas palabras.»
Otros críticos literarios han argumentado que la obra debe ser considerada como una obra de ficción imaginativa, y por lo tanto puede ser descrita justificadamente como una «novela histórica». Este punto de vista fue sostenido por Everett Zimmerman, quien escribió que «Es la intensidad del enfoque en el narrador lo que hace que A Journal of the Plague Year se parezca más a una novela que a … historia». De hecho, el uso que Defoe hace del narrador «H.F.», y su presentación inicial del Diario como los recuerdos de un testigo presencial de la peste, es el principal punto de fricción para los críticos que lo consideran más un «romance» – «una de las peculiares clases de composiciones que se sitúan entre el romance y la historia», como lo describió Sir Walter Scott- que un relato histórico. Walter George Bell, un historiador de la peste, señaló que Defoe no debería ser considerado un historiador porque utiliza sus fuentes de forma acrítica.
La visión un tanto ambigua de Scott sobre la naturaleza del Diario fue compartida por el primer biógrafo importante de Defoe, Walter Wilson, quien escribió en Memoir of the Life and Times of Daniel De Foe (1830) sobre el mismo que «se las ha ingeniado para mezclar tanto lo auténtico con las invenciones de su propio cerebro, que es imposible distinguir lo uno de lo otro; y ha dado al conjunto una semejanza tal con el espantoso original, que confunde al escéptico y lo envuelve en sus encantos».» En opinión de Wilson, la obra es una «alianza entre la historia y la ficción» en la que una se transforma continuamente en la otra y vuelve a ella. Este punto de vista es compartido por John Richetti, que llama al Journal un tipo de «pseudohistoria», un «libro densamente fáctico, incluso groseramente veraz» en el que «la imaginación… surge ocasionalmente y domina esos hechos».
Estas conceptualizaciones alternativas del Journal -como ficción, historia o historia-ficción- siguen existiendo.