Las AAA+ ATPasas son enzimas que contienen un dominio P-loop NTPasa, y funcionan como chaperonas moleculares, subunidades ATPasas de proteasas, helicasas o ATPasas estimuladas por ácidos nucleicos. Se compararon todas las secuencias y estructuras disponibles de los dominios de proteínas AAA+ con el objetivo de identificar las características definitivas de la secuencia y la estructura de estos dominios e inferir los principales acontecimientos en su evolución. Se elaboró una clasificación evolutiva de la clase AAA+ utilizando métodos filogenéticos estándar, el análisis de firmas estructurales y de secuencias compartidas y la agrupación basada en la similitud. Este análisis dio como resultado la identificación de 26 familias principales dentro de la clase de ATPasas AAA+. También describimos la posición de las ATPasas AAA+ con respecto a las clases RecA/F1, superfamilias de helicasas I/II, PilT y ABC de NTPasas de bucle P. La clase AAA+ parece haber sufrido una radiación temprana en los clados del cargador de pinzas, DnaA/Orc/Cdc6, AAA clásico y «pre-sensor 1 beta-hairpin» (PS1BH). Dentro del clado PS1BH, las quelatasas, MoxR, YifB, McrB, Dynein-midasina, NtrC y MCM forman un conjunto monofilético definido por una inserción distinta en la hélice-2 del núcleo conservado de la ATPasa, y un segmento helicoidal adicional entre el dominio central de la ATPasa y el haz alfa-helicoidal C-terminal. Al menos 6 proteínas AAA+ distintas, que representan los diferentes clados principales, son rastreables hasta el último ancestro común universal (LUCA) de la vida celular existente. Además, las helicasas de la superfamilia III, que pertenecen al conjunto PS1BH, probablemente estaban presentes en esta etapa en replicones «egoístas» similares a los de los virus. La siguiente radiación importante, en la base de los dos reinos procariotas, bacterias y arqueas, dio lugar a varias chaperonas distintas, subunidades ATPasa de proteasas, helicasas de ADN y factores de transcripción. La tercera gran radiación, al inicio de la evolución eucariota, contribuyó al origen de varias adaptaciones específicas de los eucariotas relacionadas con las funciones nucleares y citoesqueléticas. Las nuevas relaciones y los dominios no detectados anteriormente de los que se informa aquí podrían proporcionar nuevas pistas para investigar la biología de las ATPasas AAA+.