La iniciación abortiva es un proceso normal de transcripción y ocurre tanto in vitro como in vivo. Después de cada paso de adición de nucleótidos en la transcripción inicial, la ARN polimerasa, estocásticamente, puede proceder en la vía hacia el escape del promotor (iniciación productiva) o puede liberar el producto de ARN y volver al complejo abierto de la ARN polimerasa-promotor (iniciación abortiva). Durante esta etapa temprana de la transcripción, la ARN polimerasa entra en una fase durante la cual la disociación del complejo de transcripción compite energéticamente con el proceso de elongación. La ciclación abortiva no está causada por una fuerte unión entre el complejo de iniciación y el promotor.
Mecanismo de estrujamiento del ADNEditar
Durante muchos años, el mecanismo por el que la ARN polimerasa se mueve a lo largo de la cadena de ADN durante la iniciación abortiva permaneció esquivo. Se había observado que la ARN polimerasa no escapaba del promotor durante la iniciación de la transcripción, por lo que se desconocía cómo la enzima podía leer la cadena de ADN para transcribirla sin moverse aguas abajo. En la última década, los estudios han revelado que la iniciación abortiva implica el estrujamiento del ADN, en el que la ARN polimerasa permanece inmóvil mientras desenrolla y arrastra el ADN aguas abajo hacia el complejo de transcripción para pasar los nucleótidos a través del sitio activo de la polimerasa, transcribiendo así el ADN sin moverse. Esto hace que el ADN desenrollado se acumule dentro de la enzima, de ahí el nombre de «estrujamiento» del ADN. En la iniciación abortiva, la ARN polimerasa vuelve a enrollar y expulsa la parte aguas abajo del ADN desenrollado, liberando el ARN y volviendo al complejo abierto de la ARN polimerasa-promotor; en cambio, en la iniciación productiva, la ARN polimerasa vuelve a enrollar y expulsa la parte aguas arriba del ADN desenrollado, rompiendo las interacciones ARN polimerasa-promotor, escapando del promotor y formando un complejo de elongación de la transcripción.
Un artículo de 2006 que demostró la implicación del estrujamiento del ADN en la transcripción inicial propuso la idea de que la tensión sufrida durante el estrujamiento del ADN proporciona la fuerza motriz tanto para la iniciación abortiva como para la iniciación productiva. Un artículo complementario publicado el mismo año confirmó que el estrujamiento detectable del ADN se produce en el 80% de los ciclos de transcripción, y en realidad se estima que es el 100%, dada la limitación de la capacidad de detectar el estrujamiento rápido (el 20% de los estrujamientos tienen una duración inferior a 1 segundo).
Un artículo de 2016 demostró que el estrujamiento del ADN también se produce antes de la síntesis de ARN durante la selección del sitio de inicio de la transcripción.