Las condiciones de la prisión eran espantosas. Tenía el suelo sucio, estaba plagada de piojos, era oscura, lúgubre y apestaba a tabaco y estiércol. Hacía calor en verano y frío en invierno. Las ventanas estaban cubiertas por barrotes de hierro. Para evitar que los espectros de los acusados volaran libres y abordaran a los afligidos, los carceleros utilizaban grilletes para sujetar a los condenados, incluidos los jóvenes, los ancianos y los enfermos. Los encarcelados cobraban por su alojamiento y comida (aproximadamente dos chelines y seis peniques a la semana), más una cuota por sus cadenas. No se sabe con certeza si había celdas bajo tierra; «calabozo» probablemente se refería a la sala principal del primer piso.
Fue en la cárcel de Salem donde Martha Corey fue excomulgada antes de su ahorcamiento el 22 de septiembre. Fue desde aquí que Giles Corey fue llevado a un campo abierto y aplastado hasta la muerte, en un esfuerzo por obligarlo a presentarse a juicio. La nieta de 17 años de George Jacobs, que había implicado a su abuelo en la brujería, escribió una carta pidiendo su perdón mientras esperaba su ejecución en la cárcel de Salem. Margaret Jacobs había sido acusada ella misma y, atemorizada, había confesado la brujería y acusado a varios otros, incluido su abuelo. También fue aquí donde Mary Warren, la sirvienta de John y Elizabeth Proctor, fue examinada por los magistrados y los reverendos. Warren había afirmado estar afligida, acusando a sus empleadores. Cuando se retractó, también fue acusada de brujería.
Una vez que una persona era condenada por brujería, por lo general era sólo cuestión de días antes de ser ejecutada. El alguacil del condado de Essex, George Corwin, recogía a los condenados en la cárcel y los llevaba en un carro, con guardias montados a su lado, al lugar de la ejecución en las afueras de la ciudad.
En 1813 se construyó una nueva cárcel en Salem, al otro lado de Prison Lane, donde se cruzaba con Bridge Street, más cerca del río Norte. En 1863, Abner Cheney Goodall utilizó los maderos de la antigua cárcel para construir una residencia en el mismo lugar. La familia Goodall, que seguía siendo propietaria del edificio en los años 30, abrió la primera atracción de la «Ciudad de las Brujas» de Salem en esa década. A mediados de la década de 1950, la New England Telephone Company arrasó el edificio para dar paso a su nuevo edificio de oficinas, situado en el número 10 de la calle Federal. Hubo pocas protestas por la pérdida del lugar histórico. La antigua atracción se trasladó a un edificio de la calle Lynde, que originalmente se había construido como capilla para la Iglesia del Este y que luego fue sede, desde 1908 hasta 1980, de la Iglesia de la Ciencia Cristiana de Salem. Inaugurada en 1980, la atracción sigue funcionando en la actualidad como Museo de la Mazmorra de las Brujas. Durante la excavación para el nuevo edificio de teléfonos en la calle Federal, se descubrieron vigas de la antigua cárcel. En la actualidad, una de ellas se expone en el Museo de la Bruja de Salem, otra en el Museo de la Mazmorra de la Bruja y otra en la colección del Museo Peabody Essex.