Muḥammad ʿAlī y sus sucesores
En julio de 1820 Muḥammad ʿAlī, virrey de Egipto bajo el Imperio Otomano, envió un ejército bajo el mando de su hijo Ismāʿīl para conquistar el Sudán. Muḥammad ʿAli estaba interesado en el oro y los esclavos que podía proporcionar el Sudán y deseaba controlar el vasto interior al sur de Egipto. En 1821 los Funj y el sultán de Darfur se habían rendido, y el Sudán nilótico, desde Nubia hasta las estribaciones de Etiopía y desde el río Atbara hasta Darfur, pasó a formar parte del imperio en expansión de Muḥammad ʿAlī.
La recaudación de impuestos bajo el régimen de Muḥammad ʿAlī supuso prácticamente la confiscación del oro, el ganado y los esclavos, y la oposición a su gobierno se hizo intensa, llegando a estallar en una rebelión y en el asesinato de Ismāʿīl y su guardaespaldas. Pero los rebeldes carecían de liderazgo y coordinación, y su revuelta fue brutalmente reprimida. La hostilidad de los sudaneses fue respondida con una represión continua hasta el nombramiento de ʿAlī Khūrshīd Āghā como gobernador general en 1826. Su administración marcó una nueva era en las relaciones egipcio-sudanesas. Redujo los impuestos y consultó a los sudaneses a través del respetado líder sudanés ʿAbd al-Qādir wad al-Zayn. Se concedieron cartas de amnistía a los fugitivos. Se implantó un sistema impositivo más equitativo y se obtuvo el apoyo de la poderosa clase de los santones y jeques (jefes tribales) a la administración, eximiéndolos de impuestos. Pero ʿAlī Khūrshīd no se contentó con restaurar el Sudán a su estado anterior. Bajo su iniciativa, se protegieron y ampliaron las rutas comerciales, se desarrolló Jartum como capital administrativa y se emprendieron multitud de mejoras agrícolas y técnicas. Cuando se retiró a El Cairo en 1838, dejó tras de sí un país próspero y satisfecho.
Su sucesor, Aḥmad Pasha Abū Widān, continuó sus políticas con pocas excepciones y convirtió en su principal preocupación la erradicación de la corrupción oficial. Abū Widān trató sin piedad a los infractores o a quienes pretendían frustrar sus planes de reorganización fiscal. Tenía un especial aprecio por el ejército, que cosechó los beneficios de una paga regular y condiciones tolerables a cambio de soportar el peso de la expansión y consolidación de la administración egipcia en Kassalā y entre los árabes de Baqqārah del sur de Kordofán. Muḥammad ʿAlī, sospechando que Abū Widān era desleal, lo llamó a El Cairo en el otoño de 1843, pero murió misteriosamente, muchos creyeron que de veneno, antes de abandonar el Sudán.
Durante las dos décadas siguientes, el país se estancó debido a la ineficacia del gobierno de Jartum y a la vacilación de los virreyes de El Cairo. Si los sucesores de Abū Widān poseían talento administrativo, rara vez eran capaces de demostrarlo. Ningún gobernador general se mantuvo en el cargo el tiempo suficiente para introducir sus propios planes, y mucho menos para continuar los de su predecesor. Nunca se iniciaron nuevos planes y los viejos proyectos se dejaron languidecer. Sin dirección, el ejército y la burocracia se desmoralizaron y se volvieron indiferentes, mientras que los sudaneses se disgustaron con el gobierno. En 1856, el virrey Saʿīd Pasha visitó el Sudán y, conmocionado por lo que vio, contempló la posibilidad de abandonarlo por completo. En su lugar, suprimió el cargo de gobernador general e hizo que cada provincia sudanesa dependiera directamente de la autoridad virreinal en El Cairo. Este estado de cosas persistió hasta la muerte de Saʿīd en 1863.
Sin embargo, durante estas décadas de inactividad, comenzaron dos acontecimientos ominosos que presagiaban futuros problemas. Reaccionando a la presión de las potencias occidentales, especialmente de Gran Bretaña, se ordenó al gobernador general del Sudán que detuviera el comercio de esclavos. Pero ni siquiera el propio virrey pudo vencer la costumbre establecida de un plumazo y con la erección de unos cuantos puestos de policía. Si la restricción del comercio de esclavos precipitó la resistencia entre los sudaneses, el nombramiento de funcionarios cristianos en la administración y la expansión de la comunidad cristiana europea en Sudán provocaron un abierto resentimiento. Los comerciantes europeos, en su mayoría de origen mediterráneo, eran ignorados o tolerados por los sudaneses y limitaban sus contactos a los compatriotas de su propia comunidad y a los funcionarios turco-egipcios cuyos modales y vestimenta adoptaban con frecuencia. Se convirtieron en un grupo poderoso e influyente, cuya contribución duradera al Sudán fue tomar la iniciativa de abrir el Nilo Blanco y el sur del Sudán a la navegación y el comercio después de que Muḥammad ʿAlī aboliera los monopolios comerciales estatales en el Sudán en 1838 bajo la presión de las potencias europeas.