En comparación con otros formatos de anticuerpos como las IgG, los fragmentos Fab o los scFvs, los dominios VHH tienen muchas propiedades y ventajas únicas.
En primer lugar, con sólo tres bucles CDR y una tendencia a las secuencias CDR3 largas, los VHH cubren un espacio epitópico diferente, aunque superpuesto, en comparación con las IgG convencionales. En general, parece haber una tendencia a unirse a epítopos conformacionales nativos y discontinuos más que a epítopos peptídicos lineales. Las excepciones son el VHH anti-Spot-Tag y el VHH anti-Myc de ChromoTek, que reconocen pequeñas etiquetas peptídicas lineales, respectivamente.
Los VHH pueden producirse en una variedad de sistemas de expresión diferentes, que van desde las bacterias hasta las células de mamíferos, pasando por la levadura. Al igual que las IgG convencionales, pueden etiquetarse con una variedad de colorantes (fluorescentes), biotina u otras moléculas pequeñas. Además, pueden unirse covalentemente a superficies, como perlas de agarosa u otras matrices. También es posible la funcionalización dirigida al sitio y la fijación estequiométrica de la etiqueta.
Debido a su pequeño tamaño (aprox. 12-15 kDa) y a su estructura de cadena única, los VHH son adecuados para aplicaciones para las que el gran tamaño de las IgG convencionales de cuatro cadenas peptídicas (150 kDa) es desventajoso, como la microscopía de superresolución, la penetración en tejidos o las técnicas basadas en FRET y ECL.
Es importante destacar que los dominios VHH son perfectamente adecuados para generar formatos de anticuerpos biespecíficos, ya sea por fusión genética o por conjugación con otros anticuerpos recombinantes. De nuevo, su pequeño tamaño, su alta estabilidad y su buena expresabilidad son ventajosas para la generación de moléculas bi o incluso multiespecíficas.
Además, y en contraste con las IgGs completas, ciertos VHHs pueden expresarse genéticamente de forma intracelular y unirse a sus respectivas proteínas diana intracelulares. Cuando se fusionan con proteínas fluorescentes como GFP o RFP, estos sdAbs pueden utilizarse para la visualización intracelular de las estructuras diana endógenas in vivo. ChromoTek ofrece una variedad de tales fusiones VHH-FP, llamadas Chromobodies, por ejemplo para la visualización in vivo de la actina, el PCNA, la Lámina nuclear y otras estructuras citoesqueléticas o nucleares.