Descripción
La pista RefSeq Genes muestra genes conocidos de ratón codificadores y no codificadores de proteínas tomados de la colección de secuencias de referencia de ARN del NCBI (RefSeq). Los datos subyacentes a esta pista se actualizan semanalmente.
Por favor, visite la página Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) para hacer sugerencias, enviar adiciones y correcciones, o pedir ayuda en relación con los registros de RefSeq.
Para obtener más información sobre las diferentes pistas de genes, consulte nuestro Genes FAQ.
Convenciones de visualización y configuración
Esta pista sigue las convenciones de visualización para las pistas de predicción.El sombreado de colores indica el nivel de revisión que ha sufrido el registro RefSeq: predicho (claro), provisional (medio), revisado (oscuro).
Las etiquetas de los elementos y los colores de visualización de las características dentro de esta pista pueden configurarse a través de los controles en la parte superior de la página de descripción de la pista.
- Etiqueta: Por defecto, los elementos se etiquetan por el nombre del gen. Haga clic en la opción de etiqueta apropiada para mostrar el nombre de la accesión en lugar del nombre del gen, mostrar tanto el nombre del gen como el de la accesión, o desactivar la etiqueta por completo.
- Coloración de codones: Esta pista contiene una característica opcional de coloración de codones que permite a los usuarios validar y comparar rápidamente las predicciones de genes.Para mostrar los colores de los codones, seleccione la opción de codones genómicos en el menú desplegableColoración de la pista por codones. Para más información sobre esta función, vaya a la página Colorear predicciones y anotaciones de genes por codones.
- Ocultar genes no codificantes: Por defecto, se muestran tanto los genes codificadores de proteínas como los no codificadores. Si desea ver sólo los genes codificantes, haga clic en esta casilla.
Métodos
Los ARN de RefSeq se alinearon con el genoma del ratón utilizando BLAT. Se descartaron aquellos con una alineación inferior al 15%. Cuando un mismo ARN se alineó en varios lugares, se identificó el alineamiento que tenía la mayor identidad de bases. Sólo se mantuvieron los alineamientos que tenían un nivel de identidad de bases dentro del 0,1% del mejor y al menos un 96% de identidad de bases con la secuencia genómica.
Créditos
Esta pista fue producida en el UCSC a partir de datos de secuencias de ARN generados por científicos de todo el mundo y curados por el proyecto NCBIRefSeq.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018