Se presenta una visión general de los cambios en la expresión genética a lo largo de una curva temporal a través de los primeros 20 min después de la acidificación a pH 4,5 de cultivos de crecimiento exponencial de la cepa patógena alimentaria Staphylococcus aureus 50583. Para detectar respuestas significativas de expresión génica se utilizó un método recientemente desarrollado para la prueba de significación estadística. La mayoría de las respuestas mostraron un aumento o una disminución desde el momento cero hasta 10 minutos después de la acidificación, y luego, en general, una estabilización en el nivel de expresión de 10 a 20 minutos. El aumento de la actividad de la ureasa parecía ser un factor importante en la defensa contra el ácido, junto con la excreción de protones por la NADH deshidrogenasa y los mecanismos de reparación de macromoléculas. También se indujeron respuestas al estrés oxidativo, como el aumento de la expresión de los genes de la tiorredoxina y la regulación al alza de los genes de la vía de la pentosa fosfato para generar más poder reductor. La reducción general de la expresión de los genes que codifican las proteínas ribosomales y los genes implicados en la síntesis de nucleótidos, así como en el metabolismo de los ácidos grasos y las lipoproteínas, reflejó la disminución de la tasa de crecimiento tras la acidificación. El choque de pH no pareció desencadenar respuestas de virulencia importantes ni la formación de biopelículas. La regulación y el transporte de iones metálicos se vieron afectados por el choque ácido, y la producción de varios cofactores, como la molibdopterina, aumentó. Muchas de las observaciones presentadas pudieron explicarse, mientras que otras representan mecanismos aún desconocidos. Los patrones de regulación fueron confirmados por la PCR cuantitativa de la transcriptasa inversa (QRT-PCR). En conjunto, estos resultados mostraron las principales respuestas de S. aureus y serán un buen punto de partida para futuros estudios más específicos y en profundidad de las respuestas génicas específicas que se producen junto con la defensa contra el estrés ácido de S. aureus.