Los críticos del proyecto sostienen que los estados beneficiarios deberían mejorar la gestión de su propia agua antes de importarla de fuera de la región. El obispo de Bahía, Luiz Flávio Cappio, también se pregunta por qué se exporta agua cuando 3 millones de pobres viven a lo largo del curso del río São Francisco, muchos de ellos sin agua corriente ni saneamiento adecuado. Sostiene que el trasvase «exigirá enormes recursos que podrían destinarse a otros proyectos mucho más cercanos a la realidad de la gente». También se dice que el proyecto beneficiará principalmente a los agricultores más ricos, que ya disponen de infraestructuras de riego, y no a los de secano, que son los más afectados por la sequía. La supuesta insuficiencia de agua en el propio río Sao Francisco durante la estación seca, y su consiguiente impacto en los ecosistemas acuáticos, es otro argumento de los críticos. Por ejemplo, João Alves Filho, gobernador del estado de Sergipe, dice que ya hay «signos de mortalidad» donde el río se une al mar. Marco Antônio Tavares Coelho, un destacado opositor, dice que «la aridez es el estado natural del sertão» y que remojarlo sería como «quitar el hielo del Polo Norte». Al parecer, en 2001 el Banco Mundial se negó a financiar el proyecto por su escaso impacto en la lucha contra la pobreza y la sequía.