Les méthodes de capture de la conformation des chromosomes (3C) mesurent les fréquences de contact de l’ADN sur la base de la ligature de proximité nucléaire, pour découvrir les modèles de pliage génomique in vivo. 4C-seq est une méthode 3C dérivée, conçue pour rechercher dans le génome les séquences en contact avec un site génomique d’intérêt sélectionné. La 4C-seq utilise la PCR inverse et le séquençage de nouvelle génération pour amplifier, identifier et quantifier les fragments d’ADN ligaturés à proximité. Elle génère des profils de contact à haute résolution pour des sites génomiques sélectionnés à partir de quantités limitées de lectures de séquençage. La 4C-seq peut être utilisée pour étudier de multiples aspects de l’organisation du génome. Elle sert principalement à identifier les contacts d’ADN spécifiques à longue portée entre les modules d’ADN régulateurs individuels, formant par exemple des boucles de chromatine régulatrices entre les exhausteurs et les promoteurs, ou des boucles de chromatine architecturales entre les limites des domaines associés à la cohésine et à la CTCF. De plus, les profils de contact 4C-seq peuvent révéler les contours des domaines de contact et identifier les domaines structurels qui co-occupent le même compartiment nucléaire. Nous présentons ici un protocole amélioré, étape par étape, pour la préparation des échantillons et la génération de bibliothèques de séquençage 4C-seq, y compris une stratégie optimisée de PCR et de purification des modèles 4C. En outre, nous fournissons un pipeline de traitement des données qui traite les lectures 4C-seq multiplexées directement à partir de fichiers FASTQ et génère des fichiers compatibles avec les navigateurs de génome standard pour la visualisation et l’analyse statistique ultérieure des données, comme l’appel de pics à l’aide de peakC. Les protocoles et le pipeline présentés devraient facilement permettre à quiconque de générer, visualiser et interpréter ses propres ensembles de données de contact 4C à haute résolution.