La décision de créer l’AUA a été prise lors d’une réunion des chefs d’établissements africains d’enseignement supérieur tenue à cet effet à l’Université de Khartoum, au Soudan, en septembre 1963. L’Association Internationale des Universités a aidé à planifier et à prendre les dispositions administratives pour cette réunion et a été invitée à coopérer avec le comité intérimaire qui a été mis en place pour rédiger une constitution pour l’AUA.
Une conférence de fondation à laquelle ont participé les chefs ou les représentants supérieurs de 34 universités africaines s’est tenue à l’Université Mohammed V à Rabat, au Maroc, le 12 novembre 1967. Lors de cette réunion, la constitution a été adoptée et les premiers officiers et membres du Conseil exécutif de l’AUA ont été élus.
La deuxième conférence générale de l’AUA s’est tenue à l’Université Lovanium de Kinshasa en novembre 1969 et de nouveaux officiers et un nouveau Conseil exécutif ont été élus pour entrer en fonction en 1970. Le gouvernement du Ghana a ensuite remporté l’appel d’offres pour accueillir l’AUA – et le Secrétariat de l’AUA est hébergé au Ghana depuis 1970. Avec un nombre initial de 34 membres, l’Association compte aujourd’hui plus de 360 membres, dépassant les clivages linguistiques et autres.
L’Association a fourni une plateforme pour la recherche, la réflexion, la consultation, les débats, la coopération et la collaboration sur les questions relatives à l’enseignement supérieur. Elle a fourni une gamme de services à ses membres et a servi l’enseignement supérieur africain de diverses manières. Elle a établi et accru son rôle dans les cinq sous-régions de l’Afrique et est donc en mesure, dans un délai raisonnable, de réunir des équipes d’experts dans les domaines pertinents provenant des sous-régions.
L’Association possède une capacité unique à réunir les dirigeants des institutions d’enseignement supérieur et les décideurs de toutes les parties du continent et sur les questions clés liées à l’enseignement supérieur africain et au développement, comme l’a démontré l’atelier OMC/GATS qui s’est tenu au Ghana en avril 2004. En outre, l’Association fournit un leadership dans l’identification des questions émergentes et un soutien pour en débattre et faciliter les actions de suivi appropriées par ses membres, partenaires et autres parties prenantes.