Les Acariformes peuvent être divisés en deux clades principaux – Sarcoptiformes et Trombidiformes. En outre, un groupe paraphylétique contenant des formes primitives, les Endeostigmata, était autrefois également considéré comme distinct. Ce dernier est composé de seulement 10 familles d’acariens à corps mou, minuscules et peu étudiés, qui ingèrent des aliments solides, tels que des champignons, des algues et des invertébrés à corps mou comme les nématodes, les rotifères et les tardigrades. Ces clades étaient autrefois considérés comme des sous-ordres, mais cela ne permet pas une classification suffisamment précise des acariens et est aboli dans les traitements plus modernes ; les Endeostigmata sont diversement considérés comme formant un sous-ordre à part entière (l’ancienne vision) ou sont inclus principalement dans les Sarcoptiformes, ce qui rend les deux groupes monophylétiques.
Un autre groupe souvent mentionné est celui des Actinedida, mais dans les traitements comme le présent, celui-ci est réparti entre les Sarcoptiformes (et anciennement les Endeostigmata séparés) et les Trombidiformes (qui contiennent la majeure partie des « Actinedida »), car il semble être un « taxon poubelle » massivement paraphylétique, réunissant tous les Acariformes qui ne sont pas des Oribatida et des Astigmatina « typiques ». Les Trombidiformes présentent leurs propres problèmes. Le petit groupe des Sphaerolichida semble être la lignée la plus ancienne parmi eux. Cependant, les Prostigmates sont diversement subdivisés en Anystina et Eleutherengona, et Eupodina. La délimitation et les interrelations de ces groupes ne sont absolument pas claires ; alors que la plupart des analyses trouvent que l’un des deux derniers, mais pas l’autre, est un sous-groupe de l’Anystina ; aucune de ces hypothèses mutuellement contradictoires n’est très robuste ; il s’agit peut-être d’une simple erreur car les logiciels de phylogénie échouent généralement à traiter les phylogénies nonichotomiques. Par conséquent, il est peut-être préférable pour l’instant de considérer que chacune des trois principales lignées de prostigmatans est également distincte des deux autres.