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Acidovorax kalamii sp. nov…, isolée d’un échantillon d’eau de la rivière Ganges

Posted on novembre 25, 2021 by admin

Une souche à Gram négatif, en forme de bâtonnet, aérobie, jaune paille, motile, désignée KNDSW-TSA6T, appartenant au genre Acidovorax, a été isolée d’un échantillon d’eau de la rivière Ganges, en aval de la ville de Kanpur, Uttar Pradesh, Inde. Les cellules étaient aérobies, non endosporées et mobiles avec un seul flagelle polaire. Elle différait de ses souches phylogénétiquement apparentées par des caractéristiques phénotypiques telles que l’hydrolyse de l’urée, de la gélatine, de la caséine et de l’ADN, et la réaction de la catalase. Les principaux acides gras étaient C16 : 1ω7c/C16 : 1ω6c, C16 : 0 et C18 : 1ω7c/C18 : 1ω6c. L’analyse phylogénétique basée sur l’ARNr 16S et les gènes de maintien (séquences des gènes gyrb, recA et rpoB) a confirmé son placement dans le genre Acidovorax en tant que nouvelle espèce. La souche KNDSW-TSA6T a montré la plus grande similarité de séquence d’ARNr 16S avec Acidovorax soli BL21T (98,9 %), Acidovorax delafieldii ATCC 17505T (98,8 %), Acidovorax temperans CCUG 11779T (98,2 %), Acidovorax caeni R-24608T (97,9 %) et Acidovorax radicis N35T (97,6 %). Les valeurs d’hybridation numérique ADN-ADN et d’identité nucléotidique moyenne calculées à partir des séquences du génome entier entre la souche KNDSW-TSA6T et les deux souches les plus étroitement apparentées A. soli BL21T et A. delafieldii ATCC 17505T étaient inférieures aux valeurs seuils de 70 et 95 % respectivement. Ainsi, les données de l’analyse taxonomique polyphasique indiquent clairement que la souche KNDSW-TSA6T représente une nouvelle espèce, pour laquelle le nom Acidovorax kalamii sp. nov. est proposé. La souche type est Acidovorax kalamii (=MTCC 12652T=KCTC 52819T=VTCC-B-910010T).

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