American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine

Lorsque Robert Koch a rapporté sa découverte du bacille tuberculeux en 1882 dans une conférence et dans l’article scientifique qu’il a publié quelques semaines plus tard dans Berliner Medicinische Wochenschrift, il a décrit les techniques de coloration qui lui ont permis de voir les bactéries en forme de bâtonnets qu’il avait réussi à isoler et à cultiver en culture pure (1). Paul Erlich avait assisté à la conférence de Koch et a rapidement perfectionné la technique de coloration, la rendant plus facile et plus rapide. Peu de temps après, Ziehl et Neelsen ont encore modifié la technique et mis au point la méthode de base encore utilisée aujourd’hui. En 1883, Koch a reconnu que le développement d’une méthode de coloration relativement simple et rapide avait des implications importantes pour les soins aux patients. Il écrit : « On s’est vite aperçu qu’avec la méthode de coloration d’Ehrlich, la reconnaissance des bacilles tuberculeux pouvait être facilement utilisée dans le diagnostic. Nous devons à cette seule circonstance que la recherche des bacilles dans les expectorations est devenue une coutume générale » (2).

Le frottis aux bacilles acido-alcooliques (BAA) reste le principal mode de diagnostic de la tuberculose dans la plupart des endroits du monde où la tuberculose est fréquente. Si la tuberculose était quelque chose comme le brassage de la bière, ou la fabrication du fromage, ce type d’approche artisanale du diagnostic pourrait sembler authentique et séduisant. Mais la tuberculose n’est ni le brassage de la bière ni la fabrication du fromage, et la persistance au XXIe siècle d’une technique datant du XIXe siècle pour diagnostiquer la principale cause de décès dans le monde, due à un seul agent infectieux, est une honte. Il est désormais bien connu que les frottis ne détectent qu’environ la moitié des cas de tuberculose à culture positive et que le contrôle de la qualité est notoirement difficile, surtout dans les endroits où l’on s’appuie le plus sur cette technique (3, 4). L’article de Lee et de ses collègues dans ce numéro du Journal (pp. 784-794) fournit une preuve supplémentaire qu’il est temps que le frottis AFB trouve sa place dans les musées médicaux et les livres d’histoire, plutôt que dans les laboratoires de diagnostic modernes (5).

Des échantillons d’expectoration ont été recueillis chez chacun de près de 3 000 patients consécutifs évalués pour une éventuelle tuberculose. Une aliquote a été analysée par amplification semi-quantitative de l’acide nucléique avec GeneXpert MTB/RIF, et une autre a été analysée par microscopie conventionnelle à frottis AFB et culture. Les résultats de la culture étaient considérés comme l’étalon-or du diagnostic de la tuberculose.

Les résultats étaient clairs et convaincants. Dans l’ensemble, 8,9 % des patients ont fourni des échantillons dont la culture était positive pour Mycobacterium tuberculosis. Parmi eux, 102 avaient des expectorations positives au frottis AFB et 161 étaient négatifs au frottis. En outre, 9 % (265) des patients avaient une culture positive pour les mycobactéries non tuberculeuses, et 82 d’entre eux avaient un frottis AFB positif. Globalement, la sensibilité du frottis AFB était donc de 38,8 % et la spécificité de 96,7 %. En comparaison, la sensibilité de l’Xpert était de 74,1 % et sa spécificité de 97,5 %. Il est à noter que la sensibilité du frottis AFB variait selon le moment du prélèvement (les échantillons du matin avaient un rendement plus élevé que les échantillons ponctuels), mais ce n’était pas le cas pour Xpert. Les résultats de Xpert ont été communiqués aux cliniciens en moyenne 16 heures plus rapidement que les résultats des frottis de BAAR. Ainsi, les résultats d’Xpert étaient globalement plus précis, disponibles plus rapidement et moins affectés par plusieurs problèmes opérationnels que les frottis AFB.

Cet article amplifie les résultats de nombreuses études antérieures, plus petites ou réalisées en laboratoire, qui ont montré la promesse des diagnostics de tuberculose basés sur l’amplification des acides nucléiques (6-9). En effet, l’adoption d’Xpert a progressé dans le monde entier, aussi bien dans des contextes où les ressources sont riches que dans des contextes où les ressources sont limitées, et dans des pays où la charge de la tuberculose est élevée ou faible (10). Les progrès technologiques qui faciliteront l’utilisation de ce test sur le lieu de soins accéléreront probablement cette tendance. Pourtant, il y a eu des réticences, voire une opposition, à faire de ce test le moyen de diagnostic initial standard en cas de suspicion de tuberculose pulmonaire (11). Des objections ont été soulevées quant au fait que le test est trop coûteux, qu’il nécessite trop d’entretien, qu’il ne fournit pas d’informations sur l’infectiosité et qu’il ne permet pas au clinicien d’évaluer la réponse au traitement comme le fait la diminution du grade du frottis AFB. En outre, un premier article notait que l’introduction de l’Xpert en Afrique du Sud n’avait pas entraîné une diminution de la mortalité due à la tuberculose dans les communautés où il était utilisé, bien que l’on se soit rendu compte qu’il s’agissait principalement d’un problème de système (12).

Ces préoccupations sont réelles, mais nous ne devons pas non plus surestimer la performance des frottis AFB, en particulier dans de nombreux pays à forte charge, où le contrôle de la qualité est chroniquement terrible. Le coût est un problème sérieux, et les programmes nationaux de lutte contre la tuberculose, les ministères de la santé, les groupes de pression et autres doivent travailler dur pour négocier des prix raisonnables. Néanmoins, nous devons accepter le fait que les nouveaux outils (diagnostics, médicaments et vaccins) sont susceptibles d’entraîner des coûts supplémentaires, quelles que soient les circonstances. C’est le coût du progrès, et améliorer la vie des patients en leur permettant d’accéder aux meilleurs diagnostics et médicaments devrait être une priorité en concurrence avec d’autres demandes budgétaires. En outre, les coûts d’un diagnostic tardif (et de la période infectieuse prolongée qui l’accompagne) et d’un diagnostic incorrect sont également considérables, tant en dollars réels qu’en termes de sous-traitement ou de surtraitement des patients individuels qui en résultent. Comme le montre l’article de Lee, Xpert est suffisamment semi-quantitatif pour pouvoir probablement remplacer le classement des frottis AFB pour déterminer l’infectiosité et la réponse au traitement (5). En outre, dans un monde où la tuberculose multirésistante est une menace encore non maîtrisée et où, selon les meilleures estimations de l’Organisation mondiale de la santé, seule une petite minorité de patients est diagnostiquée, Xpert fournit des informations presque immédiates sur la sensibilité ou non d’une souche de M. tuberculosis à la rifampicine. Un frottis AFB ne peut pas faire cela.

La préoccupation selon laquelle l’introduction d’Xpert dans de nombreuses régions n’a pas conduit à une diminution de la mortalité due à la tuberculose est à la fois sérieuse et un peu trompeuse. En définitive, l’objectif de l’introduction de nouveaux diagnostics, médicaments et vaccins est bien sûr de réduire l’incidence et la mortalité de la tuberculose. Mais il s’agit souvent autant d’un problème de système que d’un problème lié aux outils eux-mêmes. Il incombe aux programmes de lutte antituberculeuse de travailler avec diligence pour adopter ces nouveaux outils de manière à tirer parti de leur potentiel (12, 13). Les considérations opérationnelles et économiques ne sont pas anodines. Cependant, il n’aurait pas été logique de dire aux frères Wright de ne pas se donner la peine d’inventer des avions parce qu’il n’y avait pas d’aéroports où les faire atterrir. Une lettre récente proposait que les cliniciens disent ce qui suit à tout patient à qui l’on propose uniquement un frottis AFB pour le diagnostic d’une éventuelle tuberculose : « Je m’excuse de ne pouvoir vous proposer qu’un test vieux d’un siècle qui manquera le diagnostic la moitié du temps et vous obligera peut-être à prendre des médicaments toxiques qui ne fonctionneront pas parce que le test ne peut pas détecter la résistance. Nous n’avons pas réussi à mettre en place des tests de diagnostic modernes » (14). Précisément.

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