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Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Qu’est-ce qu’AutoDock ?
AutoDock est une suite d’outils de docking automatisés. Elle est conçue pour prédire comment de petites molécules, telles que des substrats ou des candidats médicaments, se lient à un récepteur de structure 3D connue.
Les distributions actuelles d’AutoDock se composent de deux générations de logiciels : AutoDock 4 et AutoDock Vina.
AutoDock 4 se compose en fait de deux programmes principaux : autodock effectue l’arrimage du ligand à un ensemble de grilles décrivant la protéine cible ; autogrid précalcule ces grilles.
En plus de les utiliser pour l’arrimage, les grilles d’affinité atomique peuvent être visualisées. Cela peut aider, par exemple, à guider les chimistes de synthèse organique à concevoir de meilleurs liants.
AutoDock Vina ne nécessite pas de choisir les types d’atomes et de pré-calculer des cartes de grille pour eux. Au lieu de cela, il calcule les grilles en interne, pour les types d’atomes qui sont nécessaires, et il le fait pratiquement instantanément.
Nous avons également développé une interface utilisateur graphique appelée AutoDockTools, ou ADT pour faire court, qui entre autres choses aide à configurer quelles liaisons seront traitées comme rotatives dans le ligand et à analyser les dockings.
AutoDock a des applications dans:
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AutoDock 4 est gratuit et est disponible sous la licence publique générale GNU. AutoDock Vina est disponible sous la licence Apache, permettant une utilisation et une redistribution commerciales et non commerciales. Cliquez sur l’onglet « Téléchargements ». Et bon docking !
Qu’est-ce qu’AutoDock Vina ?
AutoDock Vina est une nouvelle génération de logiciel de docking du Molecular Graphics Lab. Il réalise des améliorations significatives dans la précision moyenne des prédictions de mode de liaison, tout en étant jusqu’à deux ordres de grandeur plus rapide qu’AutoDock 4.1
Parce que les fonctions de notation utilisées par AutoDock 4 et AutoDock Vina sont différentes et inexactes, sur un problème donné, l’un ou l’autre programme peut fournir un meilleur résultat.
Des informations détaillées peuvent être trouvées sur le site Web d’AutoDock Vina.
Quelles sont les nouveautés ?
1er juin 2009
AutoDock 4.2 est plus rapide que les versions précédentes, et il permet aux chaînes latérales de la macromolécule d’être flexibles. Comme auparavant, l’amarrage rigide est d’une rapidité aveuglante, et l’amarrage flexible de haute qualité peut être réalisé en une minute environ. Jusqu’à 40 000 dockings rigides peuvent être réalisés en une journée sur un seul cpu.
AutoDock 4.2 dispose désormais d’une fonction de notation de l’énergie libre qui est basée sur une analyse de régression linéaire, le champ de force AMBER et un ensemble encore plus important de complexes protéine-ligand diversifiés avec des constantes d’inhibition connues que ce que nous avons utilisé dans AutoDock 3.0. Le meilleur modèle a fait l’objet d’une validation croisée avec un ensemble distinct de complexes de protéase du VIH-1, et a confirmé que l’erreur standard est d’environ 2,5 kcal/mol. Cela est suffisant pour discriminer les pistes avec des constantes d’inhibition milli-, micro- et nano-molaires.
Vous pouvez en savoir plus sur les nouvelles fonctionnalités d’AutoDock 4.2 et sur la façon de les utiliser dans le Guide de l’utilisateur d’AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4 est un logiciel libre
7 mai 2007
L’introduction d’AutoDock 4 comprend trois améliorations majeures :
- Les résultats de docking sont plus précis et plus fiables.
- Il peut optionnellement modéliser la flexibilité de la macromolécule cible.
- Il permet l’utilisation d’AutoDock dans l’évaluation des interactions protéine-protéine.
AutoDock 4.0 est non seulement plus rapide que les versions précédentes, mais il permet aux chaînes latérales de la macromolécule d’être flexibles. Comme auparavant, l’amarrage rigide est d’une rapidité aveuglante, et l’amarrage flexible de haute qualité peut être réalisé en une minute environ. Jusqu’à 40 000 dockings rigides peuvent être réalisés en une journée sur un seul cpu.
AutoDock 4.0 dispose désormais d’une fonction de notation de l’énergie libre qui est basée sur une analyse de régression linéaire, le champ de force AMBER et un ensemble encore plus important de complexes protéine-ligand diversifiés avec des constantes d’inhibition connues que ce que nous avons utilisé dans AutoDock 3.0. Le meilleur modèle a fait l’objet d’une validation croisée avec un ensemble distinct de complexes de protéases du VIH-1, et a confirmé que l’erreur standard est d’environ 2,5 kcal/mol. C’est suffisant pour discriminer les pistes avec des constantes d’inhibition milli-, micro- et nano-molaires.
Vous pouvez lire plus de détails sur les nouvelles fonctionnalités dans le Guide de l’utilisateur d’AutoDock4.2.
AutoDock 4.0 peut être compilé pour tirer parti des nouvelles méthodes de recherche de la bibliothèque d’optimisation, ACRO, développée par William E. Hart aux Sandia National Labs. Nous avons également ajouté quelques nouvelles fonctionnalités à nos méthodes évolutionnaires existantes. Nous proposons toujours la méthode de recuit simulé (SA) de Monte Carlo des versions 2.4 et antérieures. L’algorithme génétique lamarckien (LGA) est une grande amélioration de l’algorithme génétique, et les deux méthodes génétiques sont beaucoup plus efficaces et robustes que SA.
Liste de diffusion et forum
Nous avons établi une liste de diffusion et un forum pour les utilisateurs d’AutoDock. Voici plus d’informations sur la liste AutoDock (ADL). L’URL du forum est http://mgl.scripps.edu/forum.
Qu’est-ce qu’AutoDockTools (ADT)?
Nous avons développé et continuons à améliorer notre frontal graphique pour AutoDock et AutoGrid, ADT (AutoDockTools). Il fonctionne sur Linux, Mac OS X, SGI IRIX et Microsoft Windows. Nous avons également de nouveaux tutoriels, ainsi que des fichiers d’exemples qui les accompagnent.
Où est utilisé AutoDock ?
AutoDock a maintenant été distribué à plus de 29000 utilisateurs dans le monde. Il est utilisé dans des contextes universitaires, gouvernementaux, à but non lucratif et commerciaux. En janvier 2011, une recherche dans l’ISI Citation Index a montré que plus de 2700 publications ont cité les principaux articles sur les méthodes AutoDock.
AutoDock est maintenant distribué sous la licence GPL open source et est librement disponible pour tous. En raison des restrictions liées à l’intégration d’un logiciel sous licence GPL dans d’autres codes à des fins de redistribution, certaines entreprises peuvent souhaiter accorder une licence à AutoDock dans le cadre d’un contrat de licence distinct – ce que nous pouvons arranger. Veuillez contacter le professeur Arthur J. Olson au + 1 (858) 784-2526 pour plus d’informations.
Pourquoi utiliser AutoDock ?
AutoDock a été largement utilisé et il existe de nombreux exemples de son application réussie dans la littérature (voir Références) ; en 2006, AutoDock était le logiciel de docking le plus cité. Il est très rapide, fournit des prédictions de haute qualité des conformations des ligands, et de bonnes corrélations entre les constantes d’inhibition prédites et les constantes expérimentales. AutoDock s’est également avéré utile dans le cadre du docking aveugle, lorsque l’emplacement du site de liaison n’est pas connu. De plus, AutoDock est un logiciel libre et la version 4 est distribuée sous la licence publique générale GNU ; il est également facile à obtenir.
Faites tourner votre projet de recherche AutoDock sur World Community Grid!
Votre recherche tourne-t-elle sur AutoDock ? Si oui, vous pouvez peut-être bénéficier de la puissance de calcul gratuite de World Community Grid pour accélérer vos recherches. AutoDock a déjà été « grid-enabled » par l’équipe technique de World Community Grid et est exécuté sur World Community Grid avec les projets suivants:
- Projet FightAIDS@Home du Scripps Research Institute.
- Projet Discover Dengue Drugs – Together de l’Université du Texas Medical Branch.
- Aider à combattre le cancer infantile
- Recherche de médicaments antiviraux contre la grippe
- GO Combattre le paludisme
Veuillez examiner les critères des projets de recherche de World Community Grid et contacter World Community Grid si vous avez une idée de proposition de projet ou des questions.