Les conditions dans la prison étaient épouvantables. Le sol était en terre battue, couvert de poux, sombre, lugubre, et puait le tabac et le fumier. Il faisait chaud l’été et froid l’hiver. Des barreaux de fer couvraient les fenêtres. Afin d’empêcher les spectres des accusés de s’envoler et d’accoster les affligés, les gardiens de la prison utilisaient des chaînes pour retenir les condamnés, y compris les jeunes, les vieux et les malades. Les prisonniers devaient payer pour leur chambre et leur pension (environ deux shillings, six pence par semaine), plus un droit pour leurs chaînes. Il n’est pas certain qu’il y ait eu des cellules souterraines ; le terme » donjon » désignait probablement la pièce principale du premier étage.
C’est dans la prison de Salem que Martha Corey a été excommuniée avant sa pendaison le 22 septembre. C’est de là que Giles Corey a été emmené dans un champ ouvert et écrasé à mort, dans le but de le forcer à passer en jugement. La petite-fille de George Jacobs, âgée de 17 ans, qui avait impliqué son grand-père dans des actes de sorcellerie, écrivit une lettre lui demandant de lui pardonner alors qu’il attendait son exécution dans la prison de Salem. Margaret Jacobs avait été accusée elle-même et, dans la peur, avait avoué la sorcellerie et accusé plusieurs autres personnes, dont son grand-père. C’est également ici que Mary Warren, la servante de John et Elizabeth Proctor, a été examinée par les magistrats et les révérends. Warren avait prétendu être affligée, accusant ses employeurs. Lorsqu’elle s’est rétractée, elle a également été accusée de sorcellerie.
Une fois qu’une personne était condamnée pour sorcellerie, ce n’était généralement qu’une question de jours avant qu’elle ne soit exécutée. Le haut shérif du comté d’Essex, George Corwin, récupérait les condamnés à la prison, et ils étaient emmenés en charrette, avec des gardes montés à côté, jusqu’au lieu d’exécution en bordure de la ville.
Une nouvelle prison de Salem a été construite en 1813, de l’autre côté de Prison Lane, à l’endroit où elle croisait Bridge Street, plus près de la North River. Les bois de l’ancienne prison ont été utilisés pour construire une résidence sur l’ancien emplacement en 1863 par Abner Cheney Goodall. La famille Goodall, qui possédait toujours le bâtiment dans les années 1930, a ouvert la première attraction de la « ville des sorcières » de Salem au cours de cette décennie. Ils ont recréé une prison et ont fait payer l’entrée pour visiter la « Old Witch Jail and Dungeon ».
Au milieu des années 1950, la New England Telephone Company a rasé le bâtiment pour faire place à son nouvel immeuble de bureaux, situé au 10 Federal Street. La perte de ce site historique n’a pas suscité de tollé. L’ancienne attraction a déménagé dans un bâtiment de Lynde Street, qui avait été construit à l’origine comme une chapelle pour l’East Church et qui a ensuite abrité, de 1908 à 1980, l’église Christian Science de Salem. Inaugurée en 1980, l’attraction fonctionne encore aujourd’hui sous le nom de Witch Dungeon Museum. Lors de l’excavation pour le nouveau bâtiment du téléphone sur Federal Street, des poutres de l’ancienne prison ont été découvertes. Aujourd’hui, l’une d’entre elles est exposée au Salem Witch Museum, une autre au Witch Dungeon Museum et une dernière fait partie de la collection du Peabody Essex Museum.