Un aperçu général est présenté des changements dans l’expression génétique le long d’une courbe temporelle à travers les 20 premières minutes après l’acidification à pH 4,5 de cultures à croissance exponentielle de la souche pathogène alimentaire Staphylococcus aureus 50583. Une méthode nouvellement développée pour le test de signification statistique a été utilisée pour détecter les réponses significatives de l’expression génique. La plupart des réponses ont montré une augmentation ou une diminution du temps zéro à 10 minutes après l’acidification, puis généralement une stabilisation du niveau d’expression de 10 à 20 minutes. L’augmentation de l’activité de l’uréase semble être un facteur important de la défense contre l’acide, ainsi que l’excrétion de protons par la NADH déshydrogénase et les mécanismes de réparation des macromolécules. Les réponses au stress oxydatif, telles que l’expression accrue des gènes de la thiorédoxine et la régulation à la hausse des gènes de la voie du pentose phosphate pour générer plus de pouvoir réducteur, ont également été induites. Une réduction générale de l’expression des gènes codant pour les protéines ribosomiques et des gènes impliqués dans la synthèse des nucléotides, ainsi que dans le métabolisme des acides gras et des lipoprotéines, a reflété la baisse du taux de croissance après l’acidification. Le choc du pH n’a pas semblé déclencher de réponses majeures de virulence ou de formation de biofilms. La régulation et le transport des ions métalliques ont été affectés par le choc acide, et la production de plusieurs cofacteurs tels que la molybdoptérine a augmenté. Un grand nombre des observations présentées ont pu être expliquées, tandis que certaines représentent des mécanismes encore inconnus. Les modèles de régulation ont été confirmés par la PCR quantitative à transcription inverse (QRT-PCR). Ensemble, ces résultats ont montré les principales réponses de S. aureus et seront un bon point de départ pour de futures études plus spécifiques et approfondies des réponses génétiques spécifiques qui se produisent en conjonction avec la défense contre le stress acide de S. aureus.