Description
La piste RefSeq Genes montre les gènes codant pour des protéines et non codant pour des protéines connus de la souris, pris dans la collection de séquences de référence ARN du NCBI (RefSeq). Les données sous-jacentes à cette piste sont mises à jour chaque semaine.
Veuillez consulter la page Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) pour faire des suggestions, soumettre des ajouts et des corrections, ou demander de l’aide concernant les enregistrements RefSeq.
Pour plus d’informations sur les différentes pistes de gènes, consultez notre FAQ Gènes.
Conventions d’affichage et configuration
Cette piste suit les conventions d’affichage prévues pour les pistes de prédiction.L’ombrage des couleurs indique le niveau de révision que l’enregistrement RefSeq a subi : prédit (clair), provisoire (moyen), révisé (foncé).
Les étiquettes des éléments et les couleurs d’affichage des caractéristiques de cette piste peuvent être configurées par le biais des contrôles en haut de la page de description de la piste.
- Étiquette : Par défaut, les éléments sont étiquetés par le nom du gène. Cliquez sur l’option d’étiquette appropriée pour afficher le nom d’accession au lieu du nom de gène, afficher à la fois les noms de gène et d’accession, ou désactiver complètement l’étiquette.
- Coloration de codon : Cette piste contient une fonctionnalité facultative de coloration des codons qui permet aux utilisateurs de valider et de comparer rapidement les prédictions de gènes.Pour afficher les couleurs des codons, sélectionnez l’option codons génomiques dans le menu déroulantColor track by codons. Pour plus d’informations sur cette fonctionnalité, consultez la pageColoration des prédictions et annotations de gènes par codon.
- Masquer les gènes non codants : Par défaut, les gènes codant pour les protéines et les gènes non codant pour les protéines sont affichés. Si vous souhaitez voir uniquement les gènes codants, cliquez sur cette case.
Méthodes
RefSeq Les ARN ont été alignés par rapport au génome de la souris en utilisant BLAT. Ceux dont l’alignement était inférieur à 15% ont été écartés. Lorsqu’un seul ARN était aligné à plusieurs endroits, l’alignement ayant le plus haut niveau d’identité de base a été identifié. Seuls les alignements ayant un niveau d’identité de base à moins de 0,1% du meilleur et au moins 96% d’identité de base avec la séquence génomique ont été conservés.
Crédits
Cette piste a été produite à l’UCSC à partir de données de séquences d’ARN générées par des scientifiques du monde entier et conservées par le projet NCBIRefSeq.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID : 11932250 ; PMC : PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq : une mise à jour des séquences de référence des mammifères.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID : 24259432 ; PMC : PMC3965018