La façon dont le Journal doit être classé a été contestée. Il a d’abord été présenté et lu comme une œuvre de non-fiction, mais dans les années 1780, le statut fictif de l’œuvre était accepté. Le débat s’est poursuivi pour savoir si Defoe pouvait être considéré comme l’auteur de l’œuvre plutôt que comme son simple éditeur. Edward Wedlake Brayley a écrit en 1835 que le Journal n’est « absolument pas une fiction, ni basé sur la fiction… c’est une grande injustice faite à la mémoire que de le représenter ainsi ». Brayley prend la peine de comparer le récit de Defoe avec des récits de bonne foi connus tels que Loimologia du Dr Nathaniel Hodges (1672), le journal de Samuel Pepys et God’s Terrible Voice in the City by Plague and Fire (1667) de Thomas Vincent, ainsi que des sources primaires. C’est également l’avis de Watson Nicholson – qui écrit en 1919 – qui affirme qu' »il n’y a pas une seule déclaration dans le Journal, relative à l’histoire de la grande peste de Londres, qui n’ait été vérifiée », et que l’ouvrage peut donc être considéré comme une « histoire authentique ». Il s’agit, selon Nicholson, « d’un compte rendu fidèle de faits historiques … c’était l’intention de son auteur ». Au moins un critique littéraire moderne, Frank Bastian, a convenu que « le détail inventé est… petit et inessentiel » et que le Journal « se tient plus près de notre idée de l’histoire que de celle de la fiction », et que « les doutes qui subsistent quant à savoir s’il faut l’étiqueter « fiction » ou « histoire » proviennent des ambiguïtés inhérentes à ces mots. »
D’autres critiques littéraires ont soutenu que l’œuvre doit être considérée comme une œuvre de fiction imaginative, et qu’elle peut donc être qualifiée à juste titre de « roman historique ». Ce point de vue a été soutenu par Everett Zimmerman, qui a écrit que « C’est l’intensité de la focalisation sur le narrateur qui fait que A Journal of the Plague Year ressemble plus à un roman qu’à … une histoire. » En effet, l’utilisation par Defoe du narrateur « H.F. », et sa présentation initiale du Journal comme étant les souvenirs d’un témoin oculaire de la peste, est le principal point d’achoppement pour les critiques qui considèrent qu’il s’agit plus d’une « romance » – « une de cette classe particulière de compositions qui oscille entre la romance et l’histoire » comme l’a décrit Sir Walter Scott – que d’un récit historique. Walter George Bell, un historien de la peste, a noté que Defoe ne devrait pas être considéré comme un historien car il utilise ses sources sans esprit critique.
La vision quelque peu ambiguë de Scott sur la nature du Journal était partagée par le premier grand biographe de Defoe, Walter Wilson, qui écrivait dans Memoir of the Life and Times of Daniel De Foe (1830) à son sujet que » s’est arrangé pour mélanger tant de choses authentiques avec les fabrications de son propre cerveau, qu’il est impossible de distinguer les unes des autres ; et il a donné à l’ensemble une telle ressemblance avec l’effroyable original, qu’il a confondu le sceptique et l’a entouré de ses enchantements. » Selon Wilson, l’œuvre est une » alliance entre l’histoire et la fiction » dans laquelle l’une se transforme continuellement en l’autre et inversement. Ce point de vue est partagé par John Richetti qui appelle le Journal un type de « pseudo-histoire », un « livre épais et factuel, même grossièrement véridique » dans lequel « l’imagination… éclate occasionnellement et domine ces faits ».
Ces conceptualisations alternatives du Journal – en tant que fiction, histoire, ou histoire-cum-fiction – continuent d’exister.