Teemat ovat perustavanlaatuisia ja usein yleismaailmallisia ideoita, joita kirjallisessa teoksessa tutkitaan.
Varmuuden mahdottomuus
Hamletin erottaa muista kostonäytelmistä (ja ehkä jokaisesta sitä edeltäneestä näytelmästä) se, että toimintaa, jota odotamme näkevämme erityisesti Hamletilta itseltään, lykätään jatkuvasti Hamletin yrittäessä hankkia itselleen varmempaa tietoa siitä, mitä hän tekee. Tässä näytelmässä esitetään monia kysymyksiä, joita muissa näytelmissä pidetään itsestäänselvyyksinä. Voiko aaveista olla varmaa tietoa? Onko aave sitä, miltä se näyttää, vai onko se todella harhaanjohtava hirviö? Onko aaveella luotettavaa tietoa omasta kuolemastaan,vai onko aave itse harhainen? Siirrytään maallisempiin asioihin: Miten voimme tietää varmasti tosiasioita rikoksesta, jolla on nyt todistajia? Voiko Hamlet tietää Claudiuksen sielun tilan seuraamalla hänen käyttäytymistään? Jos vastaus on myönteinen, voiko hän tietää tosiasioita siitä, mitä Claudius teki, tarkkailemalla tämän sielun tilaa? Voiko Claudius (tai yleisö)tietää Hamletin mielentilan tarkkailemalla hänen käyttäytymistään ja kuuntelemalla hänen puhettaan? Voimmeko tietää, onko teoillamme sellaisia seurauksia, joita haluamme niillä olevan? Voimmeko tietää mitään kuolemanjälkeisestä elämästä?
Monet ovat pitäneet Hamletia näytelmänä, joka kertoo päättämättömyydestä ja siten Hamletin kyvyttömyydestä toimia oikein.Kiinnostavampaa olisi ehkä ajatella, että näytelmä osoittaa meille, kuinka monen epävarmuuden varaan elämämme rakentuu, kuinka monia tuntemattomia suureita pidetään itsestäänselvyyksinä, kun ihmiset toimivat tai kun he arvioivat toistensa tekoja.
Toiminnan monimutkaisuus
Varmuuden tematiikkaan liittyy suoranaisesti toiminnan teema. Miten on mahdollista ryhtyä järkevään, tehokkaaseen ja tarkoituksenmukaiseen toimintaan? Hamletissa kysymykseen siitä, miten toimia, vaikuttavat rationaalisten näkökohtien, kuten varmuuden tarpeen, lisäksi myös emotionaaliset, eettiset ja psykologiset tekijät.Hamlet itse näyttää epäluuloisesti suhtautuvan ajatukseen, että on edes mahdollista toimia hallitusti ja tarkoituksenmukaisesti. Kun hän toimii, hän tekee sen mieluummin sokeasti, holtittomasti ja väkivaltaisesti. Muut hahmot ajattelevat ilmeisesti paljon vähemmän ”toimintaa” abstraktisti kuin Hamlet ja ovat siksi vähemmän huolissaan mahdollisuudesta toimia tehokkaasti. He yksinkertaisesti toimivat niin kuin he kokevat sopivaksi. Jossain mielessä he kuitenkin todistavat, että Hamlet on oikeassa, koska kaikki heidän toimensa epäonnistuvat. Claudius saa kuningattaren ja kruunun haltuunsa rohkealla toiminnallaan, mutta hänen omatuntonsa vaivaa häntä, ja hänen valtaansa uhkaavat uhat (ja hän tietenkin kuolee).Laertes päättää, ettei mikään saa häntä luopumaan koston toteuttamisesta, mutta hän on helposti vaikutettavissa ja manipuloitavissa Claudiuksen päämäärien palvelemiseen, ja hänen myrkytetty miekkansa kääntyy takaisin häntä itseään vastaan.
Kuoleman mysteeri
Isänsä murhan jälkeen Hamlet on pakkomielteinen kuoleman ajatuksen suhteen, ja näytelmän aikana hän pohtii kuolemaa monesta eri näkökulmasta. Hän pohtii sekä kuoleman henkistä jälkiseurausta, joka ilmenee aaveessa, että fyysisiä jäänteitä kuolleista, kuten Yorickin kalloa ja hautausmaalla olevia mätäneviä ruumiita. Kuoleman ajatus liittyy läheisesti hengellisyyden, totuuden ja epävarmuuden teemoihin siinä mielessä, että kuolema saattaa tuoda vastaukset Hamletin syvimpiin kysymyksiin ja päättää lopullisesti ongelman, joka liittyy totuuden määrittämiseen monitulkintaisessa maailmassa. Ja koska kuolema on sekä koston syy että seuraus, se liittyy läheisesti koston ja oikeudenmukaisuuden teemaan – Claudiuksen murha kuningas Hamletille käynnistää Hamletin koston tavoittelun, ja Claudiuksen kuolema on tuon tavoittelun loppu.
Kysymys omasta kuolemasta vaivaa Hamletia myös, sillä hän pohtii toistuvasti, onko itsemurha moraalisesti oikeutettu teko sietämättömän tuskallisessa maailmassa vai ei. Hamletin suru ja kurjuus on sellaista, että hän usein kaipaa kuolemaa lopettaakseen kärsimyksensä, mutta hän pelkää, että jos hän tekee itsemurhan, hän joutuu ikuiseen kärsimykseen helvetissä, koska kristillinen uskonto kieltää itsemurhan. Kuuluisassa yksinpuhelussaan ”Olla tai olla olematta” (III.i) Hamlet päättelee filosofisesti, että kukaan ei päättäisi kestää elämän tuskaa, jos hän ei pelkäisi sitä, mitä kuoleman jälkeen tulee, ja että juuri tämä pelko aiheuttaa sen, että monimutkaiset moraaliset näkökohdat häiritsevät toimintakykyä.
Kansakunta sairastuneena ruumiina
Hamletissa kaikki liittyy toisiinsa, mukaan lukien kuningasperheen hyvinvointi ja koko valtion terveys. Näytelmän ensimmäisissä kohtauksissa tutkitaan ahdistuksen ja pelon tunnetta, joka ympäröi vallan siirtymistä hallitsijalta toiselle. Koko näytelmän ajan hahmot luovat selviä yhteyksiä hallitsijan moraalisen oikeutuksen ja kansakunnan terveyden välille.Tanskaa kuvataan usein Claudiuksen ja Gertrudin moraalisen turmeltuneisuuden sairastuttamaksi fyysiseksi ruumiiksi, ja monet tarkkailijat tulkitsevat aaveen läsnäolon yliluonnolliseksi enteeksi, joka osoittaa, että ”Tanskan valtiossa on jotain mätää” (I.iv.67).Kuollut kuningas Hamlet kuvataan vahvana ja suoraselkäisenä hallitsijana, jonka suojeluksessa valtio oli hyvässä kunnossa, kun taas Claudius, paha poliitikko, on turmellut ja vaarantanut Tanskan tyydyttääkseen omat halunsa. Näytelmän lopussa suoraselkäisen Fortinbrasin nousu valtaan viittaa siihen, että Tanska vahvistuu jälleen kerran.