3D-NuS

A 3D-NuS

A 3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures) egy webszerver a jobbkezes i) intra/intermolekuláris, nem kanonikus bázispárokkal rendelkező DNS/RNS duplexek és azok kimérikus formái & ii) RNS-DNS hibrid duplexek 3 dimenziós szerkezetének modellezésére és vizualizálására, iii) balkezes Z-DNS/Z-RNS duplexek, iv) triplexek és vi) intra/intermolekuláris G-kvadruplexek automatizált módon. A program a modellezett szerkezetnek megfelelő konformációk együttesét is létrehozza.
A3D-NuS automatizált módon épít olyan DNS- és RNS-duplexeket, amelyek a kanonikus bázispárok mellett a mismatchek minden lehetséges kombinációját tartalmazzák. A 3D-NuS lehetőséget ad triplexek és quadruplexek különböző formáinak megépítésére különböző típusú RNS/DNS szálkombinációkhoz, különböző szálorientációkkal együtt. Jelenleg a 3D-NuS képes 80 különböző típusú triplex, 58 típusú intramolekuláris/intermolekuláris kvadruplex, Z DNS/RNS és DNS/RNS kiméra modellek, valamint számos, a felhasználó által meghatározott szekvenciájú és hosszúságú hibás illeszkedést tartalmazó DNS- vagy RNS-duplex és RNS-DNS hibrid duplex energiaminimalizált modelljének létrehozására. Ezek további részleteit a dokumentáció és a megfelelő molekulamodellezési oldal tartalmazza.