A kromoszóma-konformáció rögzítési (3C) módszerek a DNS-kapcsolati gyakoriságokat mérik a nukleáris közelségi ligáció alapján, hogy feltárják az in vivo genomi hajtogatási mintázatokat. A 4C-seq egy származékos 3C-módszer, amelynek célja, hogy a genomban olyan szekvenciákat keressen, amelyek egy kiválasztott, érdeklődésre számot tartó genomi helyhez érintkeznek. A 4C-seq inverz PCR-t és újgenerációs szekvenálást alkalmaz a proximity ligált DNS-fragmentumok amplifikálására, azonosítására és mennyiségi meghatározására. Korlátozott mennyiségű szekvenálási leolvasás alapján nagy felbontású kontaktprofilokat hoz létre a kiválasztott genomi helyekre. A 4C-seq a genomszerveződés számos aspektusának vizsgálatára használható. Elsősorban az egyes szabályozó DNS-modulok közötti specifikus hosszú távú DNS-kapcsolatok azonosítására szolgál, amelyek például szabályozó kromatinhurkokat alkotnak az enhancerek és promóterek között, vagy architekturális kromatinhurkokat a cohesin- és CTCF-hez kapcsolódó doménhatárok között. Ezenkívül a 4C-seq kontaktprofilok feltárhatják a kontaktdomének kontúrjait, és azonosíthatják azokat a szerkezeti doméneket, amelyek ugyanazt a nukleáris kompartmentet közösen foglalják el. Itt bemutatunk egy továbbfejlesztett, lépésről lépésre történő protokollt a mintaelőkészítéshez és a 4C-seq szekvenáló könyvtárak létrehozásához, beleértve egy optimalizált PCR és 4C templát tisztítási stratégiát. Ezenkívül egy olyan adatfeldolgozó csővezetéket is bemutatunk, amely a multiplexelt 4C-seq leolvasásokat közvetlenül a FASTQ-fájlokból dolgozza fel, és a standard genomböngészőkkel kompatibilis fájlokat hoz létre az adatok vizualizálásához és további statisztikai elemzéséhez, például a peakC segítségével történő csúcsmeghatározáshoz. A bemutatott protokollok és a csővezeték segítségével bárki könnyen létrehozhatja, vizualizálhatja és értelmezheti saját nagy felbontású 4C-kontakt adathalmazait.