5-hidroxi-metil-citozin és lehetséges szerepe a fejlődésben és a rákban

Az 5-hidroxi-metil-citozin kettős szerepe mint stabil DNS bázis és mint köztes termék a DNS demetilációban

Már tudjuk, hogy az 5hmC szintje jelentősen eltér a különböző sejttípusok és szövetek között, és a legmagasabb az agyban, különösen a neuronokban . Mivel az 5hmC az 5mC oxidációs terméke, egyértelmű, hogy az 5hmC 5mC-ből történő képződése automatikusan csökkenti az 5mC szintjét bármely adott nukleotidpozícióban vagy akár az egész genomban. Ezért azonnal nyilvánvaló volt, hogy az 5mC 5hmC-vé történő átalakulása lehet az első lépés a DNS-demetiláció felé vezető útvonalban. Különböző kísérleti rendszerekből származó bizonyíték van arra, hogy ez valóban így lehet. Ennek a demetilációs útvonalnak a végeredménye a módosított bázis passzív vagy aktív eltávolítása és/vagy a metilcsoport eltűnése a DNS-ben lévő citozinból (1. ábra). A passzív demetilációs útvonalban az 5hmC-t nem tudja lemásolni a fenntartó DNS-metiltranszferáz, a DNMT1, egy olyan enzim, amely a már meglévő metilációs mintákat propagálja és hemimetilált CpG-helyeken működik . Az aktív demetilációs folyamat, amely az 5hmC-t használja intermedierként, lényegesen bonyolultabb. Egy jelentés szerint az 5hmC a DNS-metiltranszferázok által citozinná alakítható . Az 5hmC dezaminációja 5-hidroxi-metiluracilt eredményez, amelyet bázis-kivágási javító enzimek, köztük a timin DNS-glikoziláz (TDG) és az egyszálú szelektív monofunkciós uracil DNS-glikoziláz (SMUG1) eltávolíthatnak. Jelenleg azonban nem ismert, hogy ez az útvonal mennyire hatékonyan működik in vivo. Az 5hmC TET-fehérjék általi fokozatos oxidációja 5-formilcitozint (5fC), majd 5-karboxilcitozint (5caC) eredményez. Ez az 5caC, amely alacsony szinten kimutatható a DNS-ben, ezután vagy a TDG fehérje DNS-glikoziláz aktivitása által katalizált bázis-kivágási javítással, vagy dekarboxilációval eltávolítható. Elméletileg a dekarboxilációs útvonalnak kedvezőnek kellene lennie, mivel nem igényli a DNS foszfodiészter kötések törését, ami a TDG által kezdeményezett bázis-kivágási javítás során történik. A mai napig azonban nem azonosítottak enzimaktivitást a dekarboxilációs lépéshez, bár úgy tűnik, hogy a dekarboxiláció előfordul.

Sok szövetben igen jelentős mennyiségű 5hmC halmozódik fel, sokkal nagyobb mennyiségben, mint ami akkor várható lenne, ha ez a bázis csak egy átmeneti köztes termék lenne a DNS-demetiláció felé vezető szekvenciális oxidációs útvonalban. Ezért az 5hmC egy olyan epigenetikai modul lehet, amely saját, egyedi biokémiai kódolási tulajdonságokkal rendelkezik. Ez a funkció negatív vagy taszító funkció lehet, mivel a metilcsoport oxidációja az 5hmC előállítása során blokkolja azon fehérjék kötődését, amelyek egyébként kölcsönhatásba lépnének az 5mC-vel . Alternatívaként a funkciója lehet pozitív vagy ösztönző, ha léteznek olyan fehérjék, amelyek specifikusan kötődnek az 5hmC-hez. Eddig számos különböző fehérje mutatott képességet az 5hmC felismerésére, legalábbis in vitro, köztük az UHRF1 , az MBD3 , a MeCP2 és számos más, proteomikai megközelítéssel azonosított fehérje. Az 5hmC-hez való kötődésük biológiai szerepe azonban még mindig nem teljesen világos. A legtöbb ilyen fehérje más funkcióval is rendelkezik, és ezért nem biztos, hogy egyedileg az 5hmC-vel való kölcsönhatásra tervezték őket.

Az 5-hidroximetilcitozin szerepe az emlősök fejlődésében és differenciálódásában

Az 5hmC funkcionális szerepe az emlősök genomjában még mindig nem világos. Az emlősök életciklusának kezdetén, a petesejtek spermiummal történő megtermékenyítésekor az apai (spermiumból származó) genomban lévő 5mC nagy része oxidálódik 5hmC-vé . Ez az oxidációs lépés, amelyről korábban úgy gondolták, hogy valódi DNS “demetilációt” tükröz , az apai genomra jellemző, míg az anyai (petesejtből származó) genom védve marad a Tet-katalizált oxidációtól. Az apai genom oxidációját a Tet3 katalizálja, amelyet az egyetlen olyan Tet gén kódol, amely jelentős mértékben expresszálódik az oocitákban és a zigótákban. A Tet3 genetikai kiesése egerekben az apai genom oxidációjának sikertelenségét, károsodott fejlődést és perinatális letalitást eredményez .

Egy másik fontos fejlődési átmenet a primordiális csírasejtek (PGC) globális DNS-demetilációját foglalja magában, amely a 8,5-9,5. embrionális nap körül kezdődik és a 13,5. embrionális nap környékén fejeződik be. A PGC-kben a metiláció törlésének mechanizmusai nagyrészt tisztázatlanok és ellentmondásosak maradtak. Régóta feltételezik, hogy a replikáció-független aktív DNS-demetiláció egy kulcsfontosságú útvonal, amely valószínűleg részt vesz ebben a lépésben . Újabb adatok azonban a metiláció passzív elvesztését támogatják, amelyet a metiláció fenntartásának hiánya okoz a DNS-replikáció során . Az 5mC e passzív elvesztését az 5mC 5hmC-vé történő átalakulása indíthatja el hatékonyan . A Tet1 és a Tet2 a PGC-kben ebben a szakaszban leginkább expresszálódó 5mC-oxidázok . A Tet1 és Tet2 hiányos egerek utódai hiányosságokat mutatnak a DNS-demetilációban az imprintelt géneknél . A Tet1/2-hiányos állatok azonban mindkét nemben termékenyek voltak, a nőstényeknek azonban kisebbek voltak a petefészkei és csökkent a termékenységük. A Tet1 és Tet2 deléciója életképes felnőtteket eredményezhet, bár az ilyen egerek többsége elpusztul az embriogenezis során vagy a születés körül, és különböző fejlődési rendellenességeket mutat. Az adatok arra utalnak, hogy a Tet1/2 által indukált 5mC oxidáció a PGC-kben nem feltétlenül szükséges az életképes utódok előállításához. A zigóták és a PGC-k DNS-demetilációjáról jelenleg rendelkezésre álló információkból még mindig hiányzik az 5hmC specifikusabb elemzése a DNS-szekvencia szintjén, ahogyan azt például TAB-szekvenálással el lehet végezni . Az ilyen információk várhatóan tisztázni fogják az 5hmC-képződés globális vagy lokusz-specifikus részvételét a passzív (vagy aktív) DNS-demetiláció elindításában. A báziskivágási javítási folyamatoknak a csíravonal átprogramozásában való korábbi szerepeltetése, amely önmagában óriási kockázatot jelentene a genom integritásának fenntartására, ha globális szinten működne, számos más magyarázatot is kaphat. Az egyik forgatókönyv szerint a bázis-kivágási javítási aktivitás előfordulása azzal a követelménnyel magyarázható, hogy a metilált CpG-helyeken lévő guaninokon (a guanin a DNS oxidációra legérzékenyebb bázisa) a Tet-oxidáz aktivitás által katalizált, nem célzott oxidációs reakciókat kell ellensúlyozni. Egy másik környezetben az 5hmC-t a Tet-fehérjék tovább oxidálhatják, talán specifikus szekvenciákon, 5caC-t képezve, amelyet aztán a TDG által kezdeményezett bázis-kivágási javítás eltávolít.

Mivel az 5hmC az agyszövetben a legnagyobb mennyiségben fordul elő, prioritássá vált e módosított bázis agyi funkciójának megértése. Például az emberi agykéregből származó DNS-ben az 5hmC szintje az összes citozin 1%-a vagy az összes 5mC bázis 20-25%-a . Ez körülbelül 6 000 000 5hmC-bázisnak felel meg haploid genomonként. Ezek a szintek egyértelműen arra utalnak, hogy az 5hmC-nek fontos funkcionális szerepe van az emlősök agyában. Az eddig ismertetett tanulmányok azt mutatták, hogy az 5hmC az agyszövetekben igen nagy mennyiségben fordul elő a génterületeken belül, akár a promótereken, akár még inkább az intragenikus régiókban, az úgynevezett géntestekben . Elképzelhető, hogy az 5hmC képződése a promótereken, CpG-szigeteken vagy CpG-sziget-partokon (élek) egy javítási folyamathoz hasonlóan működik, amely oxidálja és végül eltávolítja a nem megfelelően bevitt 5mC-ket ezekben a régiókban . Az 5hmC lerakódása a promóterekben vagy géntestekben gyakran pozitívan korrelál a génaktivitással. Annak mechanizmusa, hogy a géntestekhez kapcsolódó 5hmC hogyan növeli a transzkriptumok szintjét, jelenleg nem ismert. Az egyik lehetőség, hogy az 5mC oxidációja represszív hatást fejt ki a transzkripcióra, talán a hamis intragenikus anti-sense transzkripció ellensúlyozásával. Más magyarázatok között szerepelhet az is, hogy az 5hmC destabilizáló hatással van a DNS szerkezetére, ami potenciálisan kedvez a kettős spirál transzkripciós apparátus általi megnyitásának.

Az 5hmC, bár nem ismeri fel számos metil-CpG-kötő fehérje, köztük az MBD1, MBD2 és MBD4 , képes megkötni a MeCP2-t, egy metil-CpG-kötő fehérjét, amely nagy mennyiségben fordul elő az agyban és mutálódik a Rett-szindróma neurológiai betegségben. Korábbi vizsgálatok, amelyekben a MeCP2 metil-CpG-kötő doménjét (MBD) használták a teljes hosszúságú fehérje helyett, nem jutottak arra a következtetésre, hogy a MeCP2 kötődik az 5hmC-hez . Ezen eltérések okai nem tisztázottak. A MeCP2 és az 5hmC közötti kapcsolat az agyban különösen érdekes, mivel az 5hmC szintje az agyban a legmagasabb, és a MeCP2 az agyban nagy mennyiségben előforduló fehérje, amely a hiszton H1-hez hasonló szintet ér el. Ezen okok miatt a MeCP2 5hmC-kötésének inkább genom-, mint szekvencia-specifikus mechanisztikus szerepe várható az agyban.

Amint azt a közelmúltban kimutattuk, az 5hmC képződése kritikus az agy fejlődéséhez. A bázis bőségesen jelen van a fejlődő neuronokban, amelyekben szintje megnő a neurális progenitor sejtekhez képest, és ahol specifikusan lokalizálódik a neuronális differenciálódás szempontjából fontos gének géntestjeihez . A Tet3 a legnagyobb mértékben a fejlődő egér agykéregben fejeződik ki, amelyet a Tet2 követ, és a Tet1 szintje nagyon alacsony ebben a szövetben. A Tet2, Tet3 és 5hmC szintjének növekedése a differenciálódó neuronokban egybeesik a Polycomb H3K27 metiltranszferáz Ezh2 csökkenésével és a H3K27me3 elvesztésével a kritikus géneknél. A Tet2 és Tet3 szintjének csökkentése vagy az Ezh2 expressziójának növelése hiányos vagy blokkolt neuronális differenciálódást eredményez . Így az 5hmC képződése elősegíti a neuronális differenciálódást azáltal, hogy modulálja az e fontos fejlődési átmenetben legkritikusabb gének expresszióját.

Az 5-hidroxi-metil-citozin elvesztése a rákban

A rákban az 5hmC szintje erősen csökken a tumort körülvevő megfelelő normál szövethez képest . Folyadékkromatográfia-tömegspektrometria, anti-5hmC antitest alapú immundot blotok és immunhisztokémia segítségével kimutattuk az 5hmC tumorral összefüggő veszteségét a tüdő, agy, emlő, máj, máj, vese, prosztata, bél, méh és melanoma rákjainál . Más kutatók megerősítették ezt a megfigyelést az 5hmC elvesztésének kimutatásával a szolid tumorok különböző típusaiban . Továbbá a TET2 újbóli bevezetése bizonyítottan helyreállítja az 5hmC-szintet és csökkenti a melanomasejtek metasztatikus potenciálját . Meglepő módon, amikor szöveti metszeteket 5hmC és a Ki67 antigén ellenes antitestekkel koimmunizáltunk, amely csak a proliferáló sejtekben található marker, megfigyeltük, hogy az 5hmC és a Ki67 szinte soha nincs jelen egyidejűleg egyetlen sejtben . Klinikai diagnosztikai szinten az 5hmC-veszteség és a Ki67-pozitív sejtek jelenlétének kombinált immunhisztokémiai elemzése a rákdiagnózis biomarkerévé fejleszthető. Az 5hmC hiánya vagy erős csökkenése a tumorokban arra utal, hogy a proliferáló sejtek 5hmC-t veszítenek. A legtöbb esetben a tumor nagy része 5hmC-ben szegényedik, még akkor is, ha a Ki67-pozitív sejtek ritkák, ami arra utal, hogy ezek a tumorsejtek a múltban proliferáltak, ami az 5hmC elvesztéséhez vezetett, ami aztán nem állt helyre. Az 5hmC replikációfüggő elvesztése olyan helyzetet tükröz, amely emlékeztet a preimplantációs embriókban előforduló helyzetre, amelyben az 5hmC kezdeti kialakulását az apai DNS-ben az 5hmC replikációfüggő elvesztése vagy hígulása követi . Hasonlóképpen, a globális 5hmC-tartalom gyorsan csökken, ahogy a normál szövetből származó sejtek alkalmazkodnak a sejtkultúrához . A legegyszerűbb magyarázat az, hogy az 5mC oxidációja egy fél-hidroximetilált CpG-helyet hoz létre a DNS-ben, amelyet a DNMT1 nem ismer fel a DNS-replikáció során. Ez a magyarázat összhangban van az in vitro vizsgálatokkal, amelyek azt mutatják, hogy a DNMT1 nem képes 5hmC-t tartalmazó CpG-helyeken működni . Az 5hmC rákban történő csökkenésének azonban más magyarázatai is lehetségesek. A TET-fehérjék szintje alacsonyabb lehet a tumorszövetben, mint a megfelelő normális szöveti megfelelőjében. Bár a tüdő- és agydaganatokban a TET1, TET2 vagy TET3 RNS-szintjén nem tapasztaltunk konzisztens különbségeket a normál szövethez képest , mások a TET-gének alacsonyabb szintű expressziójáról számoltak be rákban . Egy további lehetőség, hogy a rákos sejtek olyan metabolikus útvonalakat tartalmaznak, amelyek a TET aktivitás társfaktorának, a 2-oxoglutarátnak a termelésében vesznek részt (lásd alább).

A TET2 mutációja az emberi rákban

A TET1 egy olyan fehérjecsaládhoz tartozik, amelyet az 5mC 5hmC-vé történő átalakulásának elősegítése jellemez az emlős DNS-ben . A TET családhoz három azonosított családtag tartozik: TET1, TET2 és TET3. A TET1 az emberi 10q21.3 kromoszómán található, míg a TET2 a 4q24 kromoszómán, a TET3 pedig a 2p13.1 kromoszómán. A TET1 enzim egy cinkujjas CXXC DNS-kötő doménből, egy ciszteinben gazdag régióból és egy 2-oxoglutarát- és vas (II)-függő dioxygenáz (2OGFeDO) doménből áll. A TET3 szintén tartalmaz egy N-terminális CXXC domént . A TET2 gén azonban az evolúció során kromoszómális géninverzión ment keresztül, így elválasztva a CXXC doménjét a katalitikus doméntől, és létrehozva egy új CXXC doménes gént, az IDAX/CXXC4-et, amely a TET2 negatív szabályozóját kódolja . EST-profilok és expressziós tömbök alapján a TET1 a legnagyobb expressziót az embriogenezis során mutatja, és felnőtt szövetekben nem mutat releváns expressziót. A TET2 leginkább a vérképző sejtekben expresszálódik, a TET3 pedig ubiquitikusan expresszálódni látszik a felnőtt emberi szövetekben.

A leukémia olyan betegség, amelyben a normális vérképző őssejt-differenciálódás során a csontvelőben a differenciálódás egy bizonyos szakaszában a vérképző prekurzor sejtek klonális expanziója sérül, ami egyensúlyhiányt okoz a differenciálódás és az önmegújulás között. A vérképzőszervi elődsejtek nem megfelelő terjeszkedését elsősorban a sejtérés gátlása okozza. A vérképzés myelodysplasztikus szindróma (MDS) rendellenességeire jellemző a citopénia (alacsony vérsejtszám), az egyik vagy másik sejtvonal hatástalan vérképzése, valamint az akut myeloid leukémiává (AML) való átalakulás fokozott kockázata . AML-ben az abnormális fehérvérsejtek gyors növekedése a csontvelőben a más sejtvonalakból származó különböző sejtek termelésének elakadásához vezet.

A TET2-t mutálódva találták myeloproliferatív neoplazmákban (MPN), MDS-ben, AML-ben és krónikus myelomonocytás leukémiában (CMML) szenvedő betegeknél, és ez a leggyakrabban mutálódó gén MDS-ben. A TET1 vagy TET3 mutációi nem figyelhetők meg MDS-ben, és a TET2 mutáció sem korrelál számos más ismert gyakori mutációval . Érdekes módon az izocitrát-dehidrogenáz 1/2 (IDH1/2) mutációk ritkán fordulnak elő TET2 mutációkkal együtt, de a TET2 mutációkhoz hasonló hatással vannak a vérképző őssejtekre (HSC) . Míg a TET2 mutációk a vad típusú TET2-vel rendelkező betegekhez képest csökkent teljes túléléssel járnak AML-ben, a TET2 mutációk MDS és MPN betegeknél elősegítik az AML-be való progressziót . A TET2 gén összesen tizenegy exonból áll, amelyek egy 2002 aminosavból álló fehérjetermékké alakulnak . A myeloid rákokban a TET2 mutációit leggyakrabban a 3a. és 10. exonban figyelték meg, amelyek a leghosszabb exonok . Mind a multipotens, mind az elkötelezett progenitor sejtek a vérképzőszervi vonalban a TET2 mutációk célpontjai az MPN-ben, ami arra utal, hogy a TET2 fontos szerepet játszik a myelopoiesisben . A TET2 delécióját és a heterozigozitás elvesztését vagy egyszülős disomiát mutáns TET2-vel rendelkező (9%) MDS/AML betegeknél figyelték meg, ahol valószínű, hogy a vad típusú allél elveszik a rekombináció során, lehetővé téve a mutáns TET2 számára a funkcióvesztéses fenotípus kialakulását. Kosmider és munkatársai megfigyelték, hogy a mutálódott TET2-vel rendelkező betegek 50%-ánál a két TET2-kópiát célzó genetikai hibák voltak. Úgy tűnik, hogy a TET2 mutációi funkcióvesztéshez vezetnek, ami arra utal, hogy tumorszuppresszív szerepet játszhat.

A mutáns TET2 funkcióhiányának és a myeloid malignitásokban betöltött szerepének megismerése jelenleg kiemelt kutatási feladat. Számos laboratórium hozott létre feltételes Tet2 knockout egérmodelleket, amelyekben a kritikus Tet2-exonokat célozták meg. Moran-Crusio és munkatársai megfigyelték, hogy a Tet 2-/- egerek 20 hetes korukban splenomegáliát fejlesztettek ki, és hasonló fenotípust mutattak, mint a mutáns TET2-vel rendelkező humán CMML betegeknél megfigyeltek. A különböző egérmodellekből származó adatok hasonló megfigyelésekre vezettek. A Tet2 törlése nem embrionális letális. A Moran-Crusio és munkatársai, valamint Ko és munkatársai által tett egyik legfontosabb megfigyelés az, hogy a Tet2-/- egerekből származó vérképző őssejtek in vivo fokozottan képesek újratelepíteni a vérképző kompartmentet kompetitív rekonstitúciós vizsgálatok során, a Tet2+/+ sejtekből származó HSC-k konkurenciájával. A Tet2-/- egerek különböző szerveinek elemzése azt mutatta, hogy a Tet2 elvesztését nem kompenzálja a Tet1 vagy Tet3 expressziójának növekedése. Az 5hmC szintje jelentősen csökkent a Tet2-/- egerek csontvelőjében és lépében . A Tet2-/- egerek a HSC-k számának növekedését mutatják a myeloid progenitorok enyhe növekedésével, ami a vérképződést a monocita/macrofág sejtsors irányába tolja el . Azt feltételezzük, hogy az aktív Tet2 szabályozza a normális vérképzést, hogy biztosítsa a HSC-k megfelelő vonaleloszlását és ellenőrzött differenciálódását. Különösen érdekes a TET2 mutációk hatása az 5mC szintjére és mintázatára a genomban. A jelenlegi adatok azonban korántsem egyértelműek. Míg egy jelentés szerint a TET2 mutáció AML-ben DNS hipermetilációs fenotípussal jár együtt , más adatok szerint a TET2 mutációval rendelkező betegek csontvelőmintáiban alacsony 5hmC szint és DNS hipometiláció figyelhető meg. A helyzetet bonyolítja az a tény, hogy a vérképzőszervi malignitásokat gyakran több epigenetikai módosító mutációja jellemzi, beleértve az EZH2, IDH1, IDH2, MLL, DNMT3A és ASXL1 mutációit, ami potenciálisan elhomályosítja az egyértelmű összefüggéseket . Egy vizsgálatban például a T-sejtes limfómában DNMT3A mutációval rendelkező tizenegy beteg közül nyolcnak (73%) TET2 mutációja is volt .

Mutációk a kofaktor útvonalakban

Az 5mC oxidázok 2-oxoglutarátfüggő enzimek (2. ábra). Ezt a kofaktort a trikarbonsavciklusban izocitrátból az IDH enzim állítja elő. Érdekes módon az emberi daganatok számos típusa tartalmaz mutációkat az IDH1 génben. Az IDH1 mutációk különösen gyakoriak a II. és III. fokú gliómákban, ahol a betegek akár 70%-ánál is megtalálhatók. Az IDH1 és IDH2 mutációi a myeloid leukémiákban és néhány más rosszindulatú daganatban is előfordulnak, de kisebb gyakorisággal . Ezek az IDH1 mutációk nem szóródnak szét a génben, hanem szinte kizárólag a 132-es aminosavpozícióban találhatók. Ez a megállapítás arra utal, hogy ez a bizonyos IDH1 mutáns fehérje funkciónyerési tulajdonsággal rendelkezik. Meglepő felfedezés volt, hogy az IDH1 kodon 132 arginin-hisztidin mutáns a 2-oxoglutarát helyett a 2-hidroxiglutarát (2HG) onkometabolitot termeli reakciótermékként . Úgy tűnik, hogy az e mutáns által végrehajtott izocitrát-oxidációs reakció nem teljes, és csak 2HG-t termel. Továbbá a 2HG kompetitív inhibitora számos, ha nem az összes 2-oxoglutarát-függő enzimaktivitásnak. A TET-fehérjék az ilyen enzimek egyik osztályát képviselik, és kimutatták, hogy a 2HG a TET1 és TET2 inhibitora .

A glióma tumorokban mutálódott IDH1 egyik érdekes korrelációja, hogy az IDH1-mutáns tumorok szinte mindig a DNS-metiláció bőséges genomszintű változásaival járnak, amit a CpG-szigetek széles körű hipermetilációja jelez . Ezt a fenotípust CpG-sziget-metilátor fenotípusnak (vagy CIMP) nevezik . Kísértő a feltételezés, hogy az IDH1-mutáns gliomákban a CIMP az 5hmC-termelés elmaradásához kapcsolódik ezekben a tumorokban, mivel a TET-aktivitást a 2HG veszélyezteti. Valójában egy IDH1 mutáns konstrukció kísérleti bevezetése humán asztrocitákba CIMP-szerű fenotípus kialakulásához vezetett . Továbbá, olyan feltételes knock-in egerekben, amelyekben a leggyakoribb Idh1 mutáns R132H beillesztésre került az endogén Idh1 lókuszba, és vérképző sejtekben expresszálódott, DNS hipermetilációt figyeltek meg . A DNS 5hmC-szintjének közvetlen összehasonlítása során azonban az IDH1 mutáns és az IDH1 vad típusú gliómák között nem tapasztaltunk lényeges különbségeket az agydaganatok e két kategóriája között . Ezért szem előtt kell tartani, hogy a mutáns IDH1 és annak metabolitterméke, a 2HG nemcsak a TET enzimeket befolyásolja, hanem számos lizin-demetilázt is gátol, amelyek a 2-oxoglutaráttól és más 2-oxoglutarátfüggő enzimektől függenek. Ezeknek a lizin-demetilázoknak a diszfunkciója másodlagos hatással lehet a DNS metilációs mintázatára a CpG-szigeteken.