A többi antitestformátummal, például az IgG-kkel, Fab-fragmentumokkal vagy scFv-kkel összehasonlítva a VHH domének számos egyedi tulajdonsággal és előnnyel rendelkeznek.
Először is, mivel a VHH-k csak három CDR-hurokkal és a hosszú CDR3 szekvenciákra való hajlammal a hagyományos IgG-khez képest más, de átfedő epitópteret fednek le. Általánosságban úgy tűnik, hogy inkább a natív, diszkontinuus konformációs epitópokhoz kötődnek, mint a lineáris peptid epitópokhoz. Kivételt képez a ChromoTek anti-Spot-Tag VHH és az anti-Myc VHH, amelyek kis lineáris peptidcímkéket ismernek fel.
A VHH-k számos különböző expressziós rendszerben előállíthatók, a baktériumoktól az élesztőn át az emlős sejtekig. A hagyományos IgG-khez hasonlóan különböző (fluoreszcens) festékekkel, biotinnal vagy más kis molekulákkal jelölhetők. Ezenkívül kovalensen rögzíthetők felületekhez, például agarózgyöngyökhöz vagy más mátrixokhoz. Lehetséges továbbá a helyhez kötött funkcionalizálás és a sztöchiometrikus címkék rögzítése.
Kis méretük (kb. 12-15 kDa) és egyláncú szerkezetük miatt a VHH-k alkalmasak olyan alkalmazásokhoz, amelyeknél a hagyományos négy peptidláncú IgG-k nagy mérete (150 kDa) hátrányos, mint például a szuperrezolúciós mikroszkópia, a szöveti penetráció vagy a FRET- és ECL-alapú technikák.
Fontos, hogy a VHH domének tökéletesen alkalmasak bispecifikus antitestformátumok létrehozására, akár genetikai fúzióval, akár más rekombináns antitestekhez való konjugálással. Kis méretük, nagy stabilitásuk és jó expresszálhatóságuk ismét előnyös a bi- vagy akár multispecifikus molekulák előállításához.
Továbbá, és a teljes IgG-kkel ellentétben, bizonyos VHH-k genetikailag kifejezhetők intracellulárisan, és kötődnek a megfelelő intracelluláris célfehérjékhez. Fluoreszcens fehérjékhez, például GFP-hez vagy RFP-hez fuzionálva ezek az sdAbs-ok az endogén célstruktúrák intracelluláris vizualizálására használhatók in vivo. A ChromoTek számos ilyen VHH-FP fúziót, úgynevezett Chromobody-t kínál, pl. az aktin, a PCNA, a nukleáris Lamina és más citoszkeletális vagy nukleáris struktúrák in vivo vizualizációjához.