A fiatal költő tanult nyugalmát a polgárháború törte meg; melegen kiállt a királypártiak mellett. A cambridge-i Trinity College ösztöndíjasa lett, de 1643-ban a parlamentaristák kirúgták. Oxfordba került, ahol Lord Falkland barátságát élvezte, és az ügyek forgatagában magának a királyi családnak a személyes bizalmába került.
A Marston Moor-i csata után követte a királynőt Párizsba, és az így megkezdett száműzetés tizenkét évig tartott. Ezt az időszakot szinte teljes egészében a királyi szolgálatban töltötte, “részt vett a királyi család gondjaiban, vagy dolgozott az ügyeikben. E célból számos veszélyes utazást tett Jerseybe, Skóciába, Flandriába, Hollandiába, vagy bárhová, ahol a király gondjai megkövetelték a jelenlétét. Hűségének legfőbb bizonyítéka azonban az a fáradságos szolgálat volt, amelyet a néhai király és felesége, a királyné közötti állandó levelezés fenntartása érdekében végzett. Ebben a súlyos megbízatásban fáradhatatlan tisztességgel és gyanútlan titoktartással viselkedett; ugyanis saját kezűleg rejtjelezte és megfejtette az összes levél legnagyobb részét, amely őfelségeik között folyt, és sok más részről hatalmas hírszerzést irányított, amely néhány évig együttesen minden napját és hetente két-három éjszakát is igénybe vett.”
E munkák ellenére sem tartózkodott az irodalmi szorgalomtól. Száműzetése alatt találkozott Pindar műveivel, és elhatározta, hogy magasztos lírai szenvedélyüket angolul is megismétli. Cowley azonban félreértette Pindar metrikai gyakorlatát, ezért a pindari ódaforma angol nyelvű reprodukciója nem tükrözi pontosan Pindar költészetét. E probléma ellenére azonban Cowley a szabálytalan hosszúságú, szabálytalan mintázatú és rímképletű jambikus sorok használata nagy hatással volt a költészetre, és ma is az angol “Pindarick” Ode vagy Irregular Ode néven ismert. Az egyik leghíresebb óda, amelyet Cowley után írtak a pindarikus hagyományban, Wordsworth “Óda: Intimations of Immortality”.
Ez idő alatt Cowley a polgárháború történetének megírásával foglalkozott (amely csak 1973-ban jelent meg teljes egészében). Az 1656-os Poems című művének előszavában Cowley megemlítette, hogy befejezte a polgárháborúról szóló epikus költeményének három könyvét, de befejezetlenül hagyta az első newburyi csata után, amikor a royalista ügy jelentős teret kezdett veszíteni. Az előszóban Cowley jelezte, hogy a költemény minden példányát megsemmisítette, de ez nem egészen így volt. 1697-ben, tizenkét évvel Cowley halála után, A Poem on the Late Civil War címmel megjelent a vers első kötetének rövidített változata. Azt feltételezték, hogy a vers többi része valóban megsemmisült vagy elveszett egészen a 20. század közepéig, amikor Allan Pritchard tudós felfedezte a Cowper család iratai között a teljes vers két fennmaradt kéziratos példánya közül az elsőt. Így végül 1973-ban jelent meg először teljes egészében Cowley nagy (bár befejezetlen) angol eposzának, a The Civill Warre (más írásmóddal: The Civil War) három befejezett könyve.
1647-ben megjelent szerelmes verseinek gyűjteménye The Mistress címmel, a következő évben pedig az ő neve alatt egy nyomorult szatírákat tartalmazó kötet, a The Four Ages of England, amelynek megírásához neki semmi köze nem volt. A költői hírnévre nézve oly végzetes korabeli bajok ellenére hírneve folyamatosan nőtt, és amikor 1656-ban Angliába visszatérve kiadta összegyűjtött költői műveinek kötetét, a közmegbecsülésben vetélytárs nélkül találta magát. Ez a kötet tartalmazta a már említett későbbi műveket, a Pindarique Odes-t, a Davideis-t, a Mistress-t és néhány misztériumot. Ez utóbbiak között találhatók Cowley legelevenebb darabjai. Műveinek ez a része a híres törekvéssel kezdődik:
“Mit tegyek, hogy örökké ismert legyek, És az eljövendő kort magamévá tegyem?”.
Tartalmazza a Wottonról, Vandyckről, Falklandról, William Hervey-ről és Crashaw-ról szóló elégiákat, az utóbbi kettő Cowley legszebb versei közé tartozik, ragyogó, hangzatos és eredeti; a Krónika című mulatságos balladát, amely feltételezett szerelmeinek fiktív katalógusát adja; különböző gnómikus darabokat; és néhány bájos parafrázist Anakreonból. A Pindarique ódák súlyos sorokat és szakaszokat tartalmaznak, amelyeket az erkölcsi szóvirágok szabálytalan és összehangolatlan tömegei temetnek maguk alá. Egy-kettőnél több nem jó az egészben, de a szépségek teljes csokrát könnyen ki lehet szedni belőlük. Az Alexandrines hosszú kadenciái, amelyekkel a legtöbb strófa zárul, Drydentől egészen Grayig visszhangzottak az angol költészetben, de maguk az ódák, amelyeket a költő kortársai homályosnak találtak, azonnal kegyvesztetté váltak. Azt is meg kell jegyezni, hogy az 1656-os kiadás tartalmazza azt a hírhedt passzust, amelyben Cowley lemond a koronához való hűségéről: “mégis, amikor a csata eseménye és Isten megmagyarázhatatlan akarata eldöntötte a vitát, és hogy alávetettük magunkat a Hódító feltételeinek, le kell tennünk a tollunkat éppúgy, mint a fegyvereket, ki kell vonulnunk magából az Ügyünkből, és le kell rombolnunk azt, valamint a saját városainkat és várainkat, minden olyan művet és erődítményt, mint az ész és az értelem, amellyel azt védtük”. Nem biztos, hogy el kell kezdenünk feleleveníteni azoknak az időknek és tetteknek az emlékét, amelyekért a Győztestől kegyelemként általános amnesztiát kaptunk. Az igazság az, hogy sem nekünk, sem nekik nem kellene a helyek és képek ábrázolásával egyfajta mesterséges emlékezetet teremtenünk azokról a dolgokról, amelyekben kénytelenek vagyunk Themisztoklészhez hasonlóan a feledés művészetére vágyni.”
A szerető a kor legnépszerűbb költői olvasmánya volt, és ma már Cowley összes művei közül a legkevésbé olvasott. Ez volt a 17. század szerelmi affektálásának utolsó és leghevesebb kifejeződése, egy olyan affektálásnak, amely Donne-nál és más korai íróknál elviselhető volt, mert az őszinte érzelmek hordozója volt, Cowley-nál azonban elviselhetetlen volt, mert nála nem jelentett mást, mint felületes gyakorlatot, az irodalmi tornagyakorlatok puszta bemutatását. Úgy tűnik, hideg, vagy legalábbis félénk természetű volt; e bonyolultan erotikus kötetek láttán azt mondják róla, hogy élete végéig soha nem vette össze a bátorságot, hogy a való életben egyetlen nővel sem beszélt szerelemről. A Krónika “Leonórája” volt állítólag az egyetlen nő, akit valaha is szeretett, és aki életrajzírójának, Spratnak a bátyjához ment feleségül.