A Acariformes két fő kládra osztható: Sarcoptiformes és Trombidiformes. Emellett korábban egy ősformákat tartalmazó parafiletikus csoportot, az Endeostigmata-t is különállónak tekintették. Ez utóbbihoz mindössze 10 család tartozik, olyan kevéssé tanulmányozott, apró, lágy testű atkákból, amelyek szilárd táplálékot, például gombákat, algákat és lágy testű gerinctelen állatokat, például fonálférgeket, cigányférgeket és tardigrádokat fogyasztanak. Ezeket a kládokat korábban alrendeknek tekintették, de ez nem teszi lehetővé az atkák kellően pontos osztályozását, és a modernebb feldolgozásokban megszűnt; az Endeostigmata-t különbözőképpen tekintik önálló alrendnek (a régi nézet), vagy főként a Sarcoptiformes-be sorolják, így mindkét csoport monofiletikus.
Egy másik gyakran említett csoport az Actinedida, de az olyan feldolgozásokban, mint a mostani, ezt felosztják a Sarcoptiformes (és korábban a különálló Endeostigmata) és a Trombidiformes (amely az “Actinedida” nagy részét tartalmazza) között, mert ez egy masszívan parafiletikus “szemétdombtaxonnak” tűnik, amely egyesíti az összes Acariformes-t, amely nem “tipikus” Oribatida és Astigmatina. A Trombidiformes saját problémákat vet fel. A Sphaerolichida kis csoportja tűnik a legősibb vonalnak közöttük. A Prostigmata azonban különböző módon az Anystina és Eleutherengona, valamint az Eupodina csoportokra oszlik. E csoportok elhatárolása és egymáshoz való viszonya teljesen tisztázatlan; míg a legtöbb elemzés az utóbbi kettő közül az egyiket az Anystina alcsoportjának tekinti, a másikat nem; e két egymásnak ellentmondó hipotézis egyike sem túl szilárd; valószínűleg ez egyszerű hiba, mert a filogenetikai szoftverek általában kudarcot vallanak a nem dichotóm filogenezisek kezelésében. Következésképpen egyelőre talán az a legjobb, ha a három fő prostigmatan vonal mindegyikét egyformán különbözőnek tekintjük a másik kettőtől.