Protopopovot 1907-ben a centralista Oktobrista Párt tagjaként választották meg a harmadik és a negyedik Duma küldöttjének. Protopopovot 1912-ben a Karsunszkij Ujezd nemesi marsalljává választották. 1916-ban a Szimbirszki kormányzóság marsalljává választották, és egyben a német szindikátusoktól függő bankok által ellenőrzött fémfeldolgozó ipar tanácsának elnöke lett.
1913 novemberében vagy 1914 májusában Protopopovot Mihail Rodzianko vezetésével a birodalmi duma alelnökévé nevezték ki, 1914-től 1916-ig a házelnök-helyettesi tisztséget töltötte be. Protopopov megalapította a Ruszkaja Volja (“Oroszország akarata”) című újságot, amelyet a bankok finanszíroztak, és újságíróként Nyikolaj Gredeskult és Alekszandr Amfiteatrovot nevezte ki. Joseph T. Fuhrmann szerint Protopopov 1915 végétől hat teljes hónapig kórházban feküdt Peter Badmayev klinikáján. 1916 tavaszán Rodzianko kérésére Protopopov Pavel Miljukovval a duma tagjaiból álló küldöttséget vezetett, hogy erősítse a kapcsolatokat az antant hatalmakkal, Oroszország nyugati szövetségeseivel az első világháborúban. 1916-ban Protopopov találkozott Hugo Stinnes német gyáros és politikussal, Fritz M. Warburg bankárral és Knut Wallenberg svéd külügyminiszterrel. Protopopovot a Franciaországból és az Egyesült Királyságból való visszatérése után hevesen ellenséges fogadtatásban részesítették a britbarát orosz liberálisok, és önvédelemből azt állította, hogy Warburg kezdeményezte a tárgyalásokat. Protopopov titkos kapcsolatai a békéről és az Oroszország és Németország közötti cseréről botrányba fulladtak, ami a The New York Times szerint az orosz és a német kormány közötti közeledést jelezte. Protopopovot széles körben gyanúsították a Hellmuth Lucius von Stoedten német diplomatával való kapcsolattartással. 1925-ben a náci újságíró, Theodor Fritsch újraírta a történetet, azt állítva, hogy Warburg tönkretette a császári Németországot, előmozdította a kommunista ügyet, és megváltoztatta az egész európai történelem menetét.)
BelügyminiszterSzerkesztés
Alexander Protopopov és két segédje, 1916. szeptember
1916. július 20-án Protopopov hivatalosan találkozott II. Miklós cárral, aki úgy jellemezte őt, mint “egy embert, akit nagyon kedvelek”. Alekszandr Kerenszkij úgy jellemezte őt, mint “jóképű, elegáns, elbűvölő …. mérsékelten liberális és mindig kellemes”. Alekszandra cárnő ismételten sürgette férjét, hogy Protopopovot nevezze ki belügyminiszternek, mivel a Duma alelnökének kulcspozícióba helyezése javíthatja a Duma és a monarchia közötti kapcsolatokat. Bár lenyűgözte Protopopov sármja, Nyikolaj kezdetben kételkedett abban, hogy alkalmas-e egy olyan posztra, amely az instabilitás és a hiány idején a rendőrségért és az élelmiszerellátásért is felelős. Protopopovnak nem volt bürokratikus tapasztalata, és keveset tudott a rendőrségről. A cár azonban valamikor 1916. szeptember 16. és 20. között jóváhagyta kinevezését a Belügyminisztérium vezetőjévé. Richard Pipes szerint Protopopov szabad kezet kapott az ország irányítására. Bár korábban meglehetősen liberálisnak tartották, Protopopov új szerepét a cári autokrácia megőrzésében látta. Mivel a cár nem tartózkodott a Sztavka főhadiszállásán, Oroszország kormányzása a cárnő, Grigorij Raszputyin és Protopopov egyfajta személyes ügyeként jelent meg, Anna Vyrubova segédletével. Protopopov a cárnő támogatásával folytatta elődje, Borisz Sztürmer reakciós politikáját.
Rodzianko és Bernard Pares szerint ekkorra Protopopov mentálisan instabil volt, és beszédei összefüggéstelenek voltak. “Hiába tervezgetett papíron, úgy tűnik, soha semmilyen hatékony javaslata nem volt azoknak a súlyos és kritikus problémáknak a megoldására, amelyek megoldására ott volt”. Októberben Protopopov azt javasolta, hogy petrográdi bankárok egy csoportja vásárolja fel az összes orosz kenyeret, és ossza szét az országban. Protopopov elrendelte Vlagyimir Szuhomlinov, a volt hadügyminiszter szabadon bocsátását, akit egy nagy visszhangot kiváltó botrányban tartóztattak le hazaárulás és hatalommal való visszaélés vádjával, és felelősségre vonták Oroszország számos korai vereségéért az első világháborúban. Amikor az orosz közvélemény megtudta, hogy Protopopov meglátogatta az időközben elszegényedett és megvetett Szuhomlinovot a lakásán, a Dumában heves bírálat érte, és ártott a kormány hírnevének. Protopopov el akarta nyomni az állami szervezeteket, különösen a Zemgort és a hadiipari bizottságokat, hogy visszaszerezze az üzleti világ támogatását, amelyet mindennél jobban ismert. Novemberben Protopopov a Duma feloszlatását kérte.
Alexander Trepov, az új miniszterelnök tájékoztatta Protopopovot, hogy azt szeretné, ha feladná a belügyminisztériumi posztját, és átvenné a kereskedelmi minisztériumét, de Protopopopov ezt elutasította. Trepov 1916 novemberében Protopopov elbocsátását a Tanács elnöki tisztségének elfogadásának elengedhetetlen feltételévé tette. A cárnő, aki nem kedvelte Trepovot, megpróbálta megtartani Protopopovot a Belügyminisztériumban betöltött befolyásos pozíciójában. 1916. november 14-én (O.S.) Trepov a Sztavkába utazott, hogy találkozzon a cárral az első világháború okozta növekvő válságról, de másnap lemondással fenyegetőzött. November 17-én Nyikolaj Pokrovszkijt nevezték ki külügyminiszternek, de a Protopopovval való nézeteltérések miatt négyszer is bejelentette lemondását. Pokrovszkij az amerikai pénzügyi tőke bevonását támogatta az orosz gazdaságba. December 7-én a kabinet azt követelte, hogy Protopopov menjen a cárhoz és mondjon le, de ehelyett a cárnő kérésére kinevezték miniszterré. 1916 decemberében Protopopov megtiltotta a zemsztvóknak, hogy rendőrségi ügynökök jelenléte nélkül ülésezzenek. “Protopopov úgy érezte, hogy ezt a szervezetet egy forradalmi fizetett személyzet uralja, és hogy általában az ellenzéki aktivistáknak az élelmiszer-ellátási ügyekben való szerepvállalás iránti követelése politikai és nem gyakorlati célokat szolgál”. Amikor az ellátási problémák Protopopov kezelési lehetőségeit meghaladónak bizonyultak, feloldotta a moszkvai és más városok zsidó lakosaira vonatkozó regisztrációs követelményeket.
Protopopovot gyakran kezelte Péter Badmajev, az orosz császári családhoz közel álló kuruzslóorvos.