Köszöntöm!
|
|
Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Mi az AutoDock?
Az AutoDock egy automatizált dokkoló eszközcsomag. Úgy tervezték, hogy megjósolja, hogyan kötődnek kis molekulák, például szubsztrátok vagy gyógyszerjelöltek egy ismert 3D szerkezetű receptorhoz.
Az AutoDock jelenlegi disztribúciói a szoftver két generációjából állnak: AutoDock 4 és AutoDock Vina.
AutoDock 4 tulajdonképpen két fő programból áll: az AutoDock elvégzi a ligandum dokkolását a célfehérjét leíró rácskészlethez; az Autogrid előre kiszámítja ezeket a rácsokat.
A dokkoláshoz való használat mellett az atomi affinitású rácsok vizualizálhatók. Ez segíthet például a szerves szintetikus vegyészek számára a jobb kötőanyagok tervezésében.
AutoDock Vina nem igényli az atomtípusok kiválasztását és a hozzájuk tartozó rácstérképek előzetes kiszámítását. Ehelyett belsőleg számítja ki a rácshálót a szükséges atomtípusokra, és ezt gyakorlatilag azonnal megteszi.
Kifejlesztettünk egy AutoDockTools, röviden ADT nevű grafikus felhasználói felületet is, amely többek között segít beállítani, hogy a ligandumban mely kötéseket kezeljük forgathatónak, és elemezni a dokkolásokat.
AutoDock alkalmazásokat talál:
|
 |
AutoDock 4 ingyenes és elérhető a GNU General Public License alatt. Az AutoDock Vina az Apache licenc alatt érhető el, amely lehetővé teszi a kereskedelmi és nem kereskedelmi célú felhasználást és terjesztést. Kattintson a “Letöltések” fülre. És boldog dokkolást!
Mi az AutoDock Vina?
Az AutoDock Vina a dokkoló szoftverek új generációja a Molecular Graphics Lab-től. Jelentős javulást ér el a kötésmód-előrejelzések átlagos pontosságában, miközben akár két nagyságrenddel gyorsabb, mint az AutoDock 4.1
Mivel az AutoDock 4 és az AutoDock Vina által használt pontozási függvények eltérőek és pontatlanok, bármelyik program bármelyik problémára jobb eredményt adhat.
A részletes információk az AutoDock Vina weboldalán találhatók.
Mi újdonság?
2009. június 1.
AutoDock 4.2 gyorsabb, mint a korábbi verziók, és lehetővé teszi, hogy a makromolekula oldalláncai rugalmasak legyenek. Mint korábban, a merev dokkolás vakítóan gyors, a jó minőségű rugalmas dokkolás pedig körülbelül egy perc alatt elvégezhető. Akár 40 000 merev dokkolás is elvégezhető egy nap alatt egy processzoron.
Az AutoDock 4.2 mostantól rendelkezik egy szabad energia pontozási funkcióval, amely egy lineáris regressziós elemzésen, az AMBER erőtéren és egy még nagyobb, ismert gátlási állandókkal rendelkező, változatos fehérje-ligandum komplexekből álló készleten alapul, mint amit az AutoDock 3.0-ban használtunk. A legjobb modellt keresztvalidáltuk a HIV-1 proteáz-komplexek külön készletével, és megerősítettük, hogy a standard hiba körülbelül 2,5 kcal/mol. Ez elegendő a milli-, mikro- és nanomoláris gátlási állandókkal rendelkező vezetők megkülönböztetéséhez.
Az AutoDock 4.2 új funkcióiról és azok használatáról bővebben az AutoDock4-ben olvashat.2 felhasználói kézikönyvben.
AutoDock 4 ingyenes szoftver
2007. május 7.
Az AutoDock 4 bevezetése három jelentős fejlesztést tartalmaz:
- A dokkolási eredmények pontosabbak és megbízhatóbbak.
- Ez opcionálisan képes modellezni a cél makromolekula rugalmasságát.
- Ez lehetővé teszi az AutoDock használatát a fehérje-fehérje kölcsönhatások értékelésében.
Az AutoDock 4.0 nemcsak gyorsabb, mint a korábbi verziók, de lehetővé teszi a makromolekula oldalláncainak rugalmasságát is. Ahogy korábban is, a merev dokkolás vakítóan gyors, a jó minőségű rugalmas dokkolás pedig körülbelül egy perc alatt elvégezhető. Akár 40 000 merev dokkolás is elvégezhető egy nap alatt egy processzoron.
Az AutoDock 4.0 mostantól rendelkezik egy szabad energia pontozási funkcióval, amely egy lineáris regressziós elemzésen, az AMBER erőtéren és egy még nagyobb, ismert gátlási állandókkal rendelkező, változatos fehérje-ligandum komplexekből álló készleten alapul, mint amit az AutoDock 3.0-ban használtunk. A legjobb modellt keresztvalidáltuk a HIV-1 proteáz-komplexek külön készletével, és megerősítettük, hogy a standard hiba körülbelül 2,5 kcal/mol. Ez elegendő a milli-, mikro- és nanomoláris gátlási állandókkal rendelkező vezetők megkülönböztetéséhez.
Az AutoDock4.2 felhasználói kézikönyvében további részleteket olvashat az új funkciókról.
Az AutoDock 4.0 összeállítható úgy, hogy kihasználja a Sandia National Labs William E. Hart által kifejlesztett ACRO optimalizációs könyvtár új keresési módszereit. A meglévő evolúciós módszereinket is kiegészítettük néhány új funkcióval. Továbbra is biztosítjuk a 2.4-es és korábbi verziók Monte Carlo szimulált lágyításos (SA) módszerét. A Lamarck-féle genetikai algoritmus (LGA) nagy előrelépés a genetikai algoritmushoz képest, és mindkét genetikai módszer sokkal hatékonyabb és robusztusabb, mint az SA.
levelezési lista és fórum
Létrehoztunk egy levelezési listát és fórumot az AutoDock felhasználói számára. Itt talál további információkat az AutoDock listáról (ADL). A fórum URL címe http://mgl.scripps.edu/forum.
Mi az AutoDockTools (ADT)?
Kifejlesztettük és folyamatosan fejlesztjük az AutoDock és AutoGrid grafikus front-endjét, az ADT-t (AutoDockTools). Ez Linux, Mac OS X, SGI IRIX és Microsoft Windows rendszereken fut. Új oktatóprogramokkal és kísérő mintafájlokkal is rendelkezünk.
Hol használják az AutoDockot?
Az AutoDockot már több mint 29000 felhasználóhoz juttattuk el világszerte. Használják akadémiai, kormányzati, non-profit és kereskedelmi környezetben. 2011 januárjában az ISI Citation Indexben végzett keresés azt mutatta, hogy több mint 2700 publikáció idézte az elsődleges AutoDock-módszerekkel foglalkozó dokumentumokat.
Az AutoDockot a GPL nyílt forráskódú licenc alatt terjesztik, és mindenki számára szabadon hozzáférhető. A GPL licenc alatt álló szoftverek más kódokba történő, újraelosztás céljából történő beépítésének korlátozásai miatt egyes vállalatok az AutoDockot külön licencszerződés alapján kívánják licencelni – amit mi el tudunk intézni. További információért kérjük, lépjen kapcsolatba Prof. Arthur J. Olson professzorral a + 1 (858) 784-2526 telefonszámon.
Miért használjuk az AutoDockot?
Az AutoDockot széles körben használják, és a szakirodalomban számos példát találunk sikeres alkalmazására (lásd a hivatkozásokat); 2006-ban az AutoDock volt a legtöbbet idézett dokkoló szoftver. Nagyon gyors, jó minőségű előrejelzéseket ad a ligandumkonformációkról, és jó korrelációt biztosít a megjósolt gátlási állandók és a kísérleti állandók között. Az AutoDock hasznosnak bizonyult a vak dokkolásban is, ahol a kötőhely helye nem ismert. Ráadásul az AutoDock szabad szoftver, és a 4. verziót a GNU General Public License alatt terjesztik; könnyen beszerezhető.
Futtassa AutoDock kutatási projektjét a World Community Grid-en!
A kutatása AutoDock-on fut? Ha igen, akkor jogosult lehet a World Community Grid ingyenes számítási teljesítményének kihasználására, hogy felgyorsítsa kutatását. Az AutoDock-ot a World Community Grid technikai csapata már “grid-képessé tette”, és a következő projektekkel együtt fut a World Community Grid-en:
- FightAIDS@Home projekt a The Scripps Research Institute-tól.
- Discover Dengue Drugs – Together projekt a The University of Texas Medical Branch-tól.
- Help Fight Childhood Cancer
- Influenza antivirális gyógyszer keresése
- GO Fight Against Malaria
Kérjük, tekintse át a World Community Grid kutatási projekt kritériumokat, és vegye fel a kapcsolatot a World Community Griddel, ha ötlete van egy projektjavaslathoz vagy bármilyen kérdése van.