Az abortív iniciáció a transzkripció normális folyamata, és mind in vitro, mind in vivo előfordul. A kezdeti transzkripció minden egyes nukleotid-addíciós lépése után az RNS-polimeráz sztochasztikusan haladhat tovább a promóterszökés felé vezető úton (produktív iniciáció) vagy felszabadíthatja az RNS-terméket és visszatérhet az RNS-polimeráz-promóter nyitott komplexbe (abortív iniciáció). A transzkripció e korai szakaszában az RNS-polimeráz olyan fázisba lép, amelynek során a transzkripciós komplex disszociációja energetikailag versenyez az elongációs folyamattal. Az abortív ciklust nem az iniciációs komplex és a promóter közötti erős kötődés okozza.
DNS scrunchingEdit
Sokáig nem lehetett tudni, milyen mechanizmus segítségével mozog az RNS-polimeráz a DNS-szál mentén a megszakított iniciáció során. Megfigyelték, hogy az RNS-polimeráz nem menekül el a promóterről a transzkripció beindítása során, így nem volt ismert, hogy az enzim hogyan tudja leolvasni a DNS-szálat az átíráshoz anélkül, hogy lefelé mozogna. Az elmúlt évtizedben a vizsgálatok feltárták, hogy az abortív iniciáció a DNS scrunchinggal jár, amelyben az RNS-polimeráz mozdulatlan marad, miközben kitekeredik és a downstream DNS-t a transzkripciós komplexbe húzza, hogy a nukleotidokat a polimeráz aktív helyén átjuttassa, ezáltal a DNS-t mozgás nélkül átírja. Ez azt eredményezi, hogy a feltekert DNS felhalmozódik az enzimben, innen a DNS “scrunching” elnevezés. Az abortív iniciáció során az RNS-polimeráz visszatekeri és kilöki a feltekert DNS downstream részét, felszabadítva az RNS-t, és visszatérve az RNS-polimeráz-promoter nyitott komplexbe; ezzel szemben a produktív iniciáció során az RNS-polimeráz visszatekeri és kilöki a feltekert DNS upstream részét, megszakítva az RNS-polimeráz-promoter kölcsönhatásokat, kiszabadulva a promóterből, és transzkripciós elongációs komplexet alkotva.
Egy 2006-os tanulmány, amely kimutatta a DNS-csikorgás részvételét a kezdeti transzkripcióban, azt az elképzelést javasolta, hogy a DNS-csikorgás során keletkező stressz biztosítja a hajtóerőt mind az abortív, mind a produktív iniciációhoz. Egy ugyanebben az évben megjelent kísérő tanulmány megerősítette, hogy a transzkripciós ciklusok 80%-ában kimutatható DNS-csikorgás történik, és valójában 100%-ra becsülhető, tekintettel a gyors csikorgás kimutatásának korlátozottságára (a csikorgások 20%-ának időtartama kevesebb, mint 1 másodperc).
Egy 2016-os tanulmány kimutatta, hogy a DNS-csikorgás az RNS-szintézis előtt is előfordul a transzkripció kezdőhelyének kiválasztása során.