Muḥammad ʿAlī és utódai
1820 júliusában Muḥammad ʿAlī, az Oszmán Birodalom egyiptomi alkirálya, fia, Ismāʿīl vezetésével sereget küldött Szudán meghódítására. Muḥammad ʿAli érdeklődött a Szudánból származó arany és rabszolgák iránt, és ellenőrizni kívánta az Egyiptomtól délre fekvő hatalmas hátországot. 1821-re a funj és a dárfúri szultán megadta magát, és a nilóta Szudán Núbiától az etiópiai előhegyekig és az Atbara folyótól Dárfúrig Muḥammad ʿAlī terjeszkedő birodalmának részévé vált.
Az adók beszedése Muḥammad ʿAlī rendszere alatt az arany, az állatállomány és a rabszolgák virtuális elkobzását jelentette, és az uralma elleni ellenállás intenzívvé vált, végül lázadásba és Ismāʿīl és testőrsége meggyilkolásába torkollott. A lázadóknak azonban hiányzott a vezetés és a koordináció, és lázadásukat brutálisan elfojtották. A szudániak mogorva ellenségességére folyamatos elnyomással válaszoltak, egészen ʿAlī Khūrshīd Āghā 1826-os főkormányzói kinevezéséig. Az ő kormányzása új korszakot jelentett az egyiptomi-szudáni kapcsolatokban. Csökkentette az adókat, és a köztiszteletben álló szudáni vezetőn, ʿAbd al-Qādir wad al-Zaynon keresztül konzultált a szudániakkal. Amnesztiát adott a szökevényeknek. Igazságosabb adórendszert vezettek be, és a szent emberek és sejkek (törzsfőnökök) befolyásos rétegének támogatását is megszerezték a közigazgatás számára azáltal, hogy mentesítették őket az adózás alól. ʿAlī Khūrshīd azonban nem elégedett meg azzal, hogy Szudánban visszaállítsa a korábbi állapotot. Az ő kezdeményezésére védték és bővítették a kereskedelmi útvonalakat, Khartumot közigazgatási fővárossá fejlesztették, és számos mezőgazdasági és technikai fejlesztést hajtottak végre. Amikor 1838-ban visszavonult Kairóba, egy virágzó és elégedett országot hagyott maga mögött.
Utódja, Aḥmad pasa Abū Widān, kevés kivétellel folytatta politikáját, és elsődleges feladatává tette a hivatali korrupció felszámolását. Abū Widān kíméletlenül bánt el a szabálysértőkkel vagy azokkal, akik megpróbálták meghiúsítani az adózás átszervezésére irányuló terveit. Különösen kedvelte a hadsereget, amely a rendszeres fizetés és a tűrhető körülmények előnyeit élvezte, cserébe azért, hogy Kassalāban és a dél-kordofáni Baqqārah arabok körében viselte az egyiptomi közigazgatás kiterjesztésének és megszilárdításának fő terhét. Muḥammad ʿAlī, aki Abū Widānt hűtlenséggel gyanúsította, 1843 őszén visszahívta őt Kairóba, de rejtélyes módon meghalt, sokak szerint mérgezésben, mielőtt elhagyta volna Szudánt.
A következő két évtizedben az ország stagnált a kartúmi kormányzat eredménytelensége és a kairói helytartók ingadozása miatt. Ha Abū Widān utódai rendelkeztek is közigazgatási tehetséggel, azt ritkán tudták bizonyítani. Egyetlen főkormányzó sem volt elég ideig hivatalban ahhoz, hogy saját terveket vezessen be, nemhogy folytassa elődje terveit. Új terveket soha nem kezdtek el, és a régi terveket hagyták elsorvadni. Irányítás nélkül a hadsereg és a bürokrácia demoralizálódott és közömbössé vált, míg a szudániak elégedetlenek lettek a kormánnyal. 1856-ban Saʿīd pasa alkirály meglátogatta Szudánt, és a látottakon megdöbbenve azt fontolgatta, hogy teljesen elhagyja azt. Ehelyett eltörölte a főkormányzói hivatalt, és minden szudáni tartományt közvetlenül a kairói alkirályi hatóságnak rendelt alá. Ez a helyzet egészen Saʿīd 1863-ban bekövetkezett haláláig fennállt.
A nyugodt évtizedek alatt azonban két baljós fejlemény vette kezdetét, amelyek előrevetítették a jövőbeli problémákat. A nyugati hatalmak, különösen Nagy-Britannia nyomására reagálva Szudán főkormányzója utasítást kapott a rabszolgakereskedelem leállítására. De még maga az alkirály sem tudta egy tollvonással és néhány rendőrőrs felállításával legyőzni a bevett szokásokat. Ha a rabszolgakereskedelem korlátozása ellenállást váltott ki a szudániak körében, akkor a keresztény tisztviselők kinevezése a közigazgatásba és az európai keresztény közösség szudáni terjeszkedése nyílt ellenérzéseket váltott ki. A szudániak a többnyire mediterrán származású európai kereskedőket vagy figyelmen kívül hagyták, vagy eltűrték őket, és kapcsolataikat a saját közösségükön belüli honfitársaikra és a török-egyiptomi tisztviselőkre korlátozták, akiknek modorát és öltözködését gyakran átvették. Erős és befolyásos csoporttá váltak, akiknek maradandó hozzájárulása Szudánhoz az volt, hogy vezető szerepet vállaltak a Fehér-Nílus és Dél-Szudán megnyitásában a hajózás és a kereskedelem előtt, miután Muḥammad ʿAlī 1838-ban az európai hatalmak nyomására megszüntette az állami kereskedelmi monopóliumokat Szudánban.