A napló besorolása vitatott. Kezdetben nem fikciós műként mutatták be és olvasták, de az 1780-as évekre elfogadták a mű fikciós státuszát. Továbbra is vita folyt arról, hogy Defoe tekinthető-e a mű szerzőjének és nem csupán szerkesztőjének. Edward Wedlake Brayley 1835-ben azt írta, hogy a Napló “határozottan, nem fikció, nem fikción alapul … nagy igazságtalanságot teszünk az emlékezetnek, ha így ábrázoljuk”. Brayley igyekszik összehasonlítani Defoe beszámolóját ismert, jóhiszemű beszámolókkal, például Dr. Nathaniel Hodges Loimologia című művével (1672), Samuel Pepys naplójával és Thomas Vincent God’s Terrible Voice in the City by Plague and Fire (1667) című művével, valamint elsődleges forrásokkal. Ezt a nézetet vallotta Watson Nicholson is – 1919-ben írva -, aki szerint “a Naplóban nincs egyetlen olyan állítás sem, amely a londoni nagy pestis történetére vonatkozna, és amelyet ne ellenőriztek volna”, így a mű “hiteles történelemnek” tekinthető. Nicholson szerint “a történelmi tények hűséges feljegyzése… a szerzője is így akarta”. Legalább egy modern irodalomkritikus, Frank Bastian egyetértett azzal, hogy “a kitalált részletek … kicsik és lényegtelenek”, és hogy a Napló “közelebb áll a történelemről alkotott elképzelésünkhöz, mint a fikcióhoz”, és hogy “minden kétség, amely fennmarad, hogy “fikciónak” vagy “történelemnek” nevezzük-e, az e szavakban rejlő kétértelműségből ered.”.”
Más irodalomkritikusok azzal érveltek, hogy a művet a képzeletbeli fikció művének kell tekinteni, és így joggal nevezhető “történelmi regénynek”. Ezt a nézetet vallotta Everett Zimmerman, aki azt írta, hogy “az elbeszélőre való összpontosítás intenzitása az, ami az A Journal of the Plague Year-t inkább regényszerűvé teszi, mint … történetté”. Valóban, az, hogy Defoe “H. F.” elbeszélőt használ, és a Naplót kezdetben úgy mutatja be, mint a pestisjárvány szemtanújának visszaemlékezéseit, a kritikusok számára, akik szerint a mű inkább “románc” – “a művek azon sajátos osztályába tartozik, amely a románc és a történelem között lebeg”, ahogy Sir Walter Scott jellemezte -, mint történelmi beszámoló. Walter George Bell, a pestisjárvány történésze megjegyezte, hogy Defoe nem tekinthető történésznek, mert kritikátlanul használja fel forrásait.
Scott kissé kétértelmű nézetét a Napló természetéről osztotta Defoe első jelentős életrajzírója, Walter Wilson is, aki a Memoir of the Life and Times of Daniel De Foe (1830) című művében azt írta róla, hogy ” olyan sok hiteles dolgot sikerült összekevernie saját agyának koholmányaival, hogy lehetetlen megkülönböztetni egyiket a másiktól; és az egésznek olyan hasonlóságot adott a rettentő eredetivel, hogy a kételkedőt összezavarja, és bűvkörébe vonja.” Wilson szerint a mű “a történelem és a fikció szövetsége”, amelyben az egyik folyamatosan morfondírozik a másikba és vissza. Ezt a nézetet osztja John Richetti is, aki a Naplót egyfajta “áltörténelemnek” nevezi, egy “sűrűn tényszerű, sőt durván igaz könyvnek”, amelyben “a képzelet … időnként fellángol és uralja ezeket a tényeket.”
A Naplónak ezek az alternatív felfogásai – mint fikció, történelem vagy történelem-fikció – továbbra is léteznek.