Az AAA+ ATPázok P-hurok NTPáz domént tartalmazó enzimek, amelyek molekuláris chaperonként, proteázok ATPáz alegységeként, helikázként vagy nukleinsav-stimulált ATPázként működnek. Az AAA+ fehérjedomének összes rendelkezésre álló szekvenciáját és szerkezetét összehasonlítottuk azzal a céllal, hogy azonosítsuk e domének meghatározó szekvencia- és szerkezeti jellemzőit, és következtessünk evolúciójuk főbb eseményeire. Az AAA+ osztály evolúciós osztályozását standard filogenetikai módszerek, a közös szekvencia- és szerkezeti jellemzők elemzése és hasonlóságon alapuló klaszterezés segítségével alakítottuk ki. Ez az elemzés 26 fő családot azonosított az AAA+ ATPáz osztályon belül. Leírjuk továbbá az AAA+ ATPázok helyzetét a RecA/F1, a helikáz szupercsaládok I/II, a PilT és a P-hurok NTPázok ABC osztályaihoz képest. Úgy tűnik, hogy az AAA+ osztály korai sugárzáson ment keresztül a clamp-loader, DnaA/Orc/Cdc6, klasszikus AAA és “pre-sensor 1 béta-hairpin” (PS1BH) kládokba. A PS1BH kládon belül a kelatázok, a MoxR, a YifB, a McrB, a Dynein-midazin, az NtrC és az MCM-ek egy monofiletikus csoportot alkotnak, amelyet a konzervált ATPáz mag hélix-2-ben lévő különálló betét, valamint a mag ATPáz doménje és a C-terminális alfa-hélix köteg közötti további helikális szegmens határoz meg. Legalább 6 különböző AAA+ fehérje, amelyek a különböző fő kládokat képviselik, visszavezethető a létező sejtes élet utolsó egyetemes közös ősére (LUCA). Emellett a PS1BH-összeállításhoz tartozó III. szupercsaládbeli helikázok valószínűleg már ebben a szakaszban jelen voltak a vírusszerű “önző” replikonokban. A következő nagyobb sugárzás a két prokarióta királyság, a baktériumok és az archaea bázisán számos különböző chaperont, a proteázok ATPáz alegységeit, DNS-helikázokat és transzkripciós faktorokat hozott létre. A harmadik nagy sugárzás, az eukarióta evolúció kezdetén, hozzájárult számos, a nukleáris és citoszkeletális funkciókkal kapcsolatos eukarióta-specifikus adaptáció kialakulásához. Az itt közölt új kapcsolatok és korábban fel nem fedezett domének új nyomokat adhatnak az AAA+ ATP-ázok biológiájának vizsgálatához.