Muḥammad ʿAlī ja hänen seuraajansa
Heinäkuussa 1820 Muḥammad ʿAlī, ottomaanien valtakunnan alainen Egyptin varakuningas, lähetti poikansa Ismāʿīlin johtaman armeijan valloittamaan Sudania. Muḥammad ʿAli oli kiinnostunut kullasta ja orjista, joita Sudan voisi tarjota, ja halusi hallita Egyptin eteläpuolella sijaitsevaa laajaa sisämaata. Vuoteen 1821 mennessä Funj ja Darfurin sulttaani olivat antautuneet, ja nilotilaisesta Sudanista Nubiasta Etiopian juurelle ja Atbara-joelta Darfuriin tuli osa Muḥammad ʿAlīn laajenevaa imperiumia.
Verojen kerääminen Muḥammad ʿAlīn hallinnon alaisuudessa merkitsi käytännössä kullan, karjan ja orjien takavarikointia, ja hänen hallintoaan vastustettiin kiivaasti, ja lopulta se purkautui kapinaksi ja Ismāʿīlin ja hänen henkivartijansa murhaksi. Kapinallisilta puuttui kuitenkin johtajuus ja koordinointi, ja heidän kapinansa tukahdutettiin raa’asti. Sudanilaiset suhtautuivat synkkään vihamielisyyteen ja jatkoivat sortoa, kunnes ʿAlī Khūrshīd Āghā nimitettiin kenraalikuvernööriksi vuonna 1826. Hänen hallintonsa merkitsi uutta aikakautta Egyptin ja Sudanin suhteissa. Hän alensi veroja ja neuvotteli sudanilaisten kanssa kunnioitetun sudanilaisjohtajan ʿAbd al-Qādir wad al-Zaynin kautta. Karkureille myönnettiin armahduskirjat. Käyttöön otettiin oikeudenmukaisempi verotusjärjestelmä, ja pyhien miesten ja sheikkien (heimopäälliköiden) vaikutusvaltaisen luokan tuki hallinnolle saatiin vapauttamalla heidät verotuksesta. ʿAlī Khūrshīd ei kuitenkaan tyytynyt palauttamaan Sudania entiseen tilaansa. Hänen aloitteestaan kauppareittejä suojeltiin ja laajennettiin, Khartumia kehitettiin hallinnolliseksi pääkaupungiksi ja maatalouden ja tekniikan alalla tehtiin monia parannuksia. Kun hän vetäytyi Kairoon vuonna 1838, hän jätti jälkeensä vauraan ja tyytyväisen maan.
Hänen seuraajansa Aḥmad-pasha Abū Widān jatkoi hänen politiikkaansa muutamaa poikkeusta lukuun ottamatta ja teki tärkeimmäksi huolenaiheekseen virallisen korruption kitkemisen. Abū Widān kävi häikäilemättömästi käsiksi rikkomuksiin syyllistyneisiin tai niihin, jotka yrittivät tehdä tyhjäksi hänen suunnitelmansa verotuksen uudelleenjärjestelystä. Hän piti erityisesti armeijasta, joka sai säännöllistä palkkaa ja siedettävät olosuhteet vastineeksi siitä, että se kantoi päävastuun Egyptin hallinnon laajentamisesta ja lujittamisesta Kassalāssa ja eteläisen Kordofanin Baqqārah-arabien keskuudessa. Muḥammad ʿAlī, joka epäili Abū Widānia epälojaaliudesta, kutsui hänet takaisin Kairoon syksyllä 1843, mutta hän kuoli salaperäisesti, monet uskoivat myrkkyyn, ennen kuin hän lähti Sudanista.
Kahdella seuraavalla vuosikymmenellä maa pysähtyi Khartumissa toimivan tehottoman hallinnon ja Kairossa toimivien varakreivareiden horjumisen vuoksi. Jos Abū Widānin seuraajilla oli hallinnollista lahjakkuutta, he pystyivät harvoin osoittamaan sitä. Yksikään kenraalikuvernööri ei ollut virassaan tarpeeksi kauan esitelläkseen omia suunnitelmiaan, saati jatkaakseen edeltäjänsä suunnitelmia. Uusia suunnitelmia ei koskaan aloitettu, ja vanhojen hankkeiden annettiin raueta. Ilman ohjausta armeijasta ja byrokratiasta tuli demoralistisia ja välinpitämättömiä, ja sudanilaiset olivat tyytymättömiä hallitukseen. Vuonna 1856 varakuningas Saʿīd pasha vieraili Sudanissa ja harkitsi näkemästään järkyttyneenä sen jättämistä kokonaan. Sen sijaan hän lakkautti kenraalikuvernöörin viran ja antoi jokaisen Sudanin maakunnan raportoida suoraan Kairossa sijaitsevalle varakuninkaalliselle viranomaiselle. Tämä tilanne säilyi Saʿīdin kuolemaan asti vuonna 1863.
Tämän hiljaisen vuosikymmenen aikana alkoi kuitenkin kaksi pahaenteistä kehitystä, jotka ennakoivat tulevia ongelmia. Länsivaltojen, erityisesti Ison-Britannian, painostukseen reagoimalla Sudanin kenraalikuvernööri sai määräyksen lopettaa orjakauppa. Mutta edes varakuningas itse ei pystynyt kukistamaan vakiintunutta tapaa kynänvedolla ja muutaman poliisiaseman pystyttämisellä. Jos orjakaupan rajoittaminen herätti vastarintaa sudanilaisten keskuudessa, kristittyjen virkamiesten nimittäminen hallintoon ja eurooppalaisen kristillisen yhteisön laajentaminen Sudanissa aiheuttivat avointa paheksuntaa. Sudanilaiset jättivät huomiotta tai suvaitsivat eurooppalaisia kauppiaita, jotka olivat enimmäkseen Välimeren maista kotoisin, ja rajoittivat yhteydenpitonsa oman yhteisönsä maanmiehiin ja turko-egyptiläisiin virkamiehiin, joiden tavat ja pukeutumisen he usein omaksuivat. Heistä tuli voimakas ja vaikutusvaltainen ryhmä, jonka pysyvä panos Sudaniin oli se, että he ottivat johtoaseman Valkoisen Niilin ja Etelä-Sudanin avaamisessa merenkululle ja kaupankäynnille sen jälkeen, kun Muḥammad ʿAlī oli lakkauttanut valtiolliset kauppamonopolit Sudanissa vuonna 1838 eurooppalaisten valtojen painostuksesta.