About 3D-NuS
3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures) è un server web per la modellazione e la visualizzazione di strutture tridimensionali di i) duplex intra/intermolecolari DNA/RNA con coppie di basi non canoniche insieme alle loro forme chimeriche & ii) duplex ibridi RNA-DNA, iii) duplex Z-DNA/Z-RNA di sinistra, iv) triplex e vi) G-quadruplex intra/intermolecolari in modo automatico. Genera anche un insieme di conformazioni corrispondenti alla struttura modellata.
3D-NuS costruisce duplex di DNA e RNA contenenti tutte le possibili combinazioni di mismatch insieme alle coppie di basi canoniche in modo automatico. 3D-NuS offre la possibilità di costruire varie forme di triplex e quadruplex per diversi tipi di combinazioni di filamenti di RNA/DNA con diversi orientamenti dei filamenti. Attualmente, 3D-NuS può generare modelli minimizzati di energia di 80 tipi diversi di triplex, 58 tipi di quadruplex intra/intermolecolari, modelli Z DNA/RNA e DNA/RNA chimera insieme a una varietà di DNA o RNA duplex contenenti mismatch e duplex ibridi RNA-DNA per qualsiasi sequenza e lunghezza definita dall’utente. Questi sono ulteriormente dettagliati nella documentazione e nella corrispondente pagina di modellazione molecolare.
