I metodi di cattura della conformazione del cromosoma (3C) misurano le frequenze di contatto del DNA basate sulla legatura di prossimità nucleare, per scoprire i modelli di piegatura genomica in vivo. 4C-seq è un metodo derivato 3C, progettato per cercare nel genoma le sequenze che contattano un sito genomico selezionato di interesse. 4C-seq impiega la PCR inversa e il sequenziamento di prossima generazione per amplificare, identificare e quantificare i suoi frammenti di DNA legati di prossimità. Genera profili di contatto ad alta risoluzione per siti genomici selezionati basati su quantità limitate di letture di sequenziamento. 4C-seq può essere utilizzato per studiare molteplici aspetti dell’organizzazione del genoma. Serve principalmente per identificare specifici contatti a lungo raggio del DNA tra i singoli moduli di DNA regolatori, formando per esempio loop di cromatina regolatori tra enhancer e promotori, o loop di cromatina architettonica tra coesina- e CTCF- associati confini di dominio. Inoltre, 4C-seq profili di contatto può rivelare i contorni dei domini di contatto e può identificare i domini strutturali che co-occupano lo stesso comparto nucleare. Qui, presentiamo un migliorato step-by-step protocollo per la preparazione del campione e la generazione di 4C-seq librerie di sequenziamento, tra cui una PCR ottimizzato e 4C strategia di purificazione del modello. Inoltre, una pipeline di elaborazione dei dati è fornito che elabora multiplexed 4C-seq legge direttamente da file FASTQ e genera file compatibili con browser genoma standard per la visualizzazione e ulteriori analisi statistiche dei dati come picco chiamando utilizzando peakC. I protocolli e la pipeline presentati dovrebbero consentire a chiunque di generare, visualizzare e interpretare i propri dataset di contatti 4C ad alta risoluzione.