La dotta tranquillità della vita del giovane poeta fu interrotta dalla guerra civile; egli sposò caldamente la parte monarchica. Divenne un fellow del Trinity College di Cambridge, ma fu espulso dai parlamentari nel 1643. Si diresse verso Oxford, dove godette dell’amicizia di Lord Falkland, e fu gettato, nel tumulto degli affari, nella fiducia personale della stessa famiglia reale.
Dopo la battaglia di Marston Moor seguì la regina a Parigi, e l’esilio così iniziato durò dodici anni. Questo periodo fu trascorso quasi interamente al servizio reale, “prendendo parte alle sofferenze della famiglia reale, o lavorando nei loro affari”. A questo scopo compì diversi viaggi pericolosi nel Jersey, in Scozia, nelle Fiandre, nei Paesi Bassi, o dovunque i problemi del re richiedessero la sua presenza. Ma la principale testimonianza della sua fedeltà fu il laborioso servizio a cui si sottopose per mantenere la costante corrispondenza tra il defunto re e la regina sua moglie. In questo gravoso incarico si comportò con instancabile integrità e insospettabile segretezza; infatti cifrò e decifrò di suo pugno la maggior parte di tutte le lettere che passavano tra le loro maestà, e gestì una vasta informazione in molte altre parti, che per alcuni anni insieme occupò tutte le sue giornate e due o tre notti ogni settimana. Durante il suo esilio incontrò le opere di Pindaro e decise di riprodurre la loro alta passione lirica in inglese. Tuttavia, Cowley fraintese la pratica metrica di Pindaro e quindi la sua riproduzione della forma dell’ode pindarica in inglese non riflette accuratamente la poetica di Pindaro. Ma nonostante questo problema, l’uso di Cowley di versi giambici di lunghezza irregolare, modello e schema di rima fu molto influente ed è ancora conosciuto come Ode “Pindarick” inglese, o Ode irregolare. Una delle più famose odi scritte dopo Cowley nella tradizione pindarica è l’Ode di Wordsworth: Intimations of Immortality”.
Durante questo stesso periodo, Cowley si occupò di scrivere una storia della guerra civile (che non fu pubblicata per intero fino al 1973). Nella prefazione ai suoi Poems del 1656, Cowley menzionò che aveva completato tre libri di un poema epico sulla Guerra Civile, ma lo aveva lasciato incompiuto dopo la Prima Battaglia di Newbury, quando la causa realista cominciò a perdere terreno in modo significativo. Nella prefazione Cowley indicava che aveva distrutto tutte le copie del poema, ma questo non era esattamente la verità. Nel 1697, dodici anni dopo la morte di Cowley, fu pubblicata una versione ridotta del primo libro del poema, chiamata A Poem on the Late Civil War. Si presumeva che il resto del poema fosse stato effettivamente distrutto o perso fino alla metà del XX secolo, quando lo studioso Allan Pritchard scoprì la prima delle due copie manoscritte esistenti dell’intero poema tra le carte della famiglia Cowper. Così, i tre libri completati della grande (anche se incompiuta) epopea inglese di Cowley, The Civill Warre (altrimenti scritto “The Civil War”), fu finalmente pubblicato per intero per la prima volta nel 1973.
Nel 1647 fu pubblicata una raccolta dei suoi versi d’amore, intitolata The Mistress, e l’anno successivo uscì a suo nome un volume di miserabili satire, The Four Ages of England, con la cui composizione egli non ebbe nulla a che fare. Nonostante i problemi del tempo, così fatali per la fama poetica, la sua reputazione aumentò costantemente, e quando, al suo ritorno in Inghilterra nel 1656, pubblicò un volume delle sue opere poetiche raccolte, si trovò senza un rivale nella stima del pubblico. Questo volume comprendeva le opere successive già menzionate, le Odi Pindariche, il Davideis, l’Amante e alcune Miscellanie. Tra queste ultime si trovano i pezzi più vitali di Cowley. Questa sezione delle sue opere si apre con la famosa aspirazione:
“Cosa devo fare per essere sempre conosciuto, e fare mia l’età che viene?”
Contiene elegie su Wotton, Vandyck, Falkland, William Hervey e Crashaw, le ultime due sono tra le più belle poesie di Cowley, brillanti, sonore e originali; la divertente ballata di The Chronicle, che dà un catalogo fittizio dei suoi presunti amori; vari pezzi gnomici; e alcune affascinanti parafrasi da Anacreonte. Le Odi pindariche contengono linee e passaggi pesanti, sepolti in masse irregolari e disarmoniche di verbosità morale. Non più di uno o due sono buoni in tutto, ma un pieno di bellezze può essere facilmente raccolto da loro. Le lunghe cadenze delle Alessandrine, con cui si chiudono la maggior parte delle strofe, continuarono a riecheggiare nella poesia inglese da Dryden fino a Gray, ma le Odi stesse, che furono trovate oscure dai contemporanei del poeta, caddero immediatamente in disgrazia. Va anche notato che l’edizione del 1656 include il famigerato passaggio in cui Cowley abiura la sua fedeltà alla corona: “ma quando l’evento della battaglia, e l’inspiegabile volontà di Dio ha determinato la controversia, e che ci siamo sottomessi alle condizioni del Conquistatore, dobbiamo deporre le nostre penne così come le armi, dobbiamo marciare fuori dalla nostra causa stessa, e smantellare quella, così come le nostre città e castelli, di tutte le opere e fortificazioni come l’intelligenza e la ragione con cui l’abbiamo difesa. Non dovremmo certo cominciare a ravvivare il ricordo di quei tempi e di quelle azioni per le quali abbiamo ricevuto un’amnistia generale come favore dal vincitore. La verità è che né noi, né loro, dovremmo, attraverso la rappresentazione di luoghi e immagini, fare una sorta di memoria artificiale di quelle cose, in cui siamo tenuti a desiderare, come Temistocle, l’arte dell’oblio.”
The Mistress fu la lettura poetica più popolare dell’epoca, ed è ora la meno letta di tutte le opere di Cowley. Era l’ultima e più violenta espressione dell’affettazione amatoria del XVII secolo, un’affettazione che era stata sopportabile in Donne e in altri primi scrittori perché era stata il veicolo di un’emozione sincera, ma era insopportabile in Cowley perché in lui non rappresentava altro che un esercizio superficiale, una mera esibizione di calistenia letteraria. Sembra che fosse di indole fredda, o almeno timida; di fronte a questi volumi elaboratamente erotici, ci viene detto che fino alla fine dei suoi giorni non trovò mai il coraggio di parlare d’amore a una sola donna nella vita reale. Si dice che la “Leonora” di The Chronicle sia stata l’unica donna che abbia mai amato, e che abbia sposato il fratello del suo biografo, Sprat.