Gli Acariformes possono essere divisi in due cladi principali – Sarcoptiformes e Trombidiformes. Inoltre, un gruppo parafiletico contenente forme primitive, gli Endeostigmata, è stato precedentemente considerato distinto. Quest’ultimo è composto da solo 10 famiglie di acari poco studiati, minuti, dal corpo molle che ingeriscono cibo solido, come funghi, alghe e invertebrati dal corpo molle come nematodi, rotiferi e tardigradi. Questi cladi erano precedentemente considerati sottordini, ma questo non permette una classificazione sufficientemente precisa degli acari e viene abolito nei trattamenti più moderni; gli Endeostigmata sono variamente considerati come un sottordine a sé stante (la vecchia visione) o sono inclusi principalmente nei Sarcoptiformes, rendendo così entrambi i gruppi monofiletici.
Un altro gruppo spesso menzionato è l’Actinedida, ma in trattamenti come il presente, questo è diviso tra i Sarcoptiformes (e precedentemente gli Endeostigmata separati) e i Trombidiformes (che contiene la maggior parte degli “Actinedida”), perché sembra essere un massiccio “taxon cestino” parafiletico, che unisce tutti gli Acariformi che non sono “tipici” Oribatida e Astigmatina. I Trombidiformi presentano i loro propri problemi. Il piccolo gruppo Sphaerolichida sembra essere la stirpe più antica tra loro. Tuttavia, i Prostigmata sono variamente suddivisi in Anystina ed Eleutherengona, ed Eupodina. La delimitazione e le interrelazioni di questi gruppi non sono del tutto chiare; mentre la maggior parte delle analisi trova che uno degli ultimi due, ma non l’altro, sia un sottogruppo degli Anystina; nessuna di queste ipotesi che si contraddicono reciprocamente è molto robusta; forse questo è un semplice errore perché il software filogenetico di solito non riesce a gestire filogenesi non dicotomiche. Di conseguenza, può essere meglio per il momento considerare ciascuno dei tre principali lignaggi di prostigmatan come ugualmente distinto dagli altri due.