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Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Cos’è AutoDock?
AutoDock è una suite di strumenti di docking automatico. È progettato per prevedere come piccole molecole, come substrati o candidati farmaci, si legano a un recettore di struttura 3D nota.
Le attuali distribuzioni di AutoDock consistono in due generazioni di software: AutoDock 4 e AutoDock Vina.
AutoDock 4 consiste effettivamente in due programmi principali: autodock esegue il docking del ligando a un insieme di griglie che descrivono la proteina bersaglio; autogrid pre-calcola queste griglie.
Oltre a utilizzarle per il docking, le griglie di affinità atomica possono essere visualizzate. Questo può aiutare, per esempio, a guidare i chimici sintetici organici a progettare leganti migliori.
AutoDock Vina non richiede di scegliere i tipi di atomi e di precalcolare le mappe delle griglie per loro. Invece, calcola le griglie internamente, per i tipi di atomi che sono necessari, e lo fa virtualmente istantaneamente.
Abbiamo anche sviluppato un’interfaccia grafica utente chiamata AutoDockTools, o ADT in breve, che tra le altre cose aiuta a impostare quali legami saranno trattati come ruotabili nel ligando e ad analizzare i docking.
AutoDock ha applicazioni in:
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AutoDock 4 è libero ed è disponibile sotto la GNU General Public License. AutoDock Vina è disponibile sotto la licenza Apache, permettendo l’uso commerciale e non commerciale e la ridistribuzione. Clicca sulla scheda “Download”. E Happy Docking!
Cos’è AutoDock Vina?
AutoDock Vina è una nuova generazione di software di docking del Molecular Graphics Lab. Raggiunge miglioramenti significativi nell’accuratezza media delle previsioni delle modalità di legame, pur essendo fino a due ordini di grandezza più veloce di AutoDock 4.1
Perché le funzioni di punteggio usate da AutoDock 4 e AutoDock Vina sono diverse e inesatte, su ogni dato problema, uno dei due programmi può fornire un risultato migliore.
Informazioni dettagliate possono essere trovate sul sito web di AutoDock Vina.
Cosa c’è di nuovo?
1 giugno 2009
AutoDock 4.2 è più veloce delle versioni precedenti, e permette alle catene laterali della macromolecola di essere flessibili. Come prima, l’aggancio rigido è incredibilmente veloce, e l’aggancio flessibile di alta qualità può essere fatto in circa un minuto. Fino a 40.000 docking rigidi possono essere fatti in un giorno su una CPU.
AutoDock 4.2 ora ha una funzione di punteggio di energia libera che si basa su un’analisi di regressione lineare, il campo di forza AMBER, e un insieme ancora più grande di diversi complessi proteina-ligando con costanti di inibizione note che abbiamo usato in AutoDock 3.0. Il modello migliore è stato sottoposto a convalida incrociata con un insieme separato di complessi di proteasi HIV-1 e ha confermato che l’errore standard è di circa 2,5 kcal/mol. Questo è sufficiente per discriminare tra le piste con costanti di inibizione milli-, micro- e nano-molare.
Puoi leggere di più sulle nuove caratteristiche in AutoDock 4.2 e come usarle in AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4 è un software gratuito
7 maggio 2007
L’introduzione di AutoDock 4 comprende tre miglioramenti principali:
- I risultati di docking sono più accurati e affidabili.
- Può opzionalmente modellare la flessibilità nella macromolecola bersaglio.
- Permette l’uso di AutoDock nella valutazione delle interazioni proteina-proteina.
AutoDock 4.0 non solo è più veloce delle versioni precedenti, ma permette alle catene laterali della macromolecola di essere flessibili. Come prima, l’aggancio rigido è incredibilmente veloce, e l’aggancio flessibile di alta qualità può essere fatto in circa un minuto. Fino a 40.000 docking rigidi possono essere fatti in un giorno su una CPU.
AutoDock 4.0 ora ha una funzione di punteggio di energia libera che si basa su un’analisi di regressione lineare, il campo di forza AMBER, e un insieme ancora più grande di diversi complessi proteina-ligando con costanti di inibizione conosciute che abbiamo usato in AutoDock 3.0. Il modello migliore è stato sottoposto a convalida incrociata con un insieme separato di complessi di proteasi HIV-1 e ha confermato che l’errore standard è di circa 2,5 kcal/mol. Questo è sufficiente per discriminare tra le piste con costanti di inibizione milli-, micro- e nano-molare.
È possibile leggere ulteriori dettagli sulle nuove caratteristiche in AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4.0 può essere compilato per sfruttare i nuovi metodi di ricerca dalla libreria di ottimizzazione, ACRO, sviluppata da William E. Hart ai Sandia National Labs. Abbiamo anche aggiunto alcune nuove caratteristiche ai nostri metodi evolutivi esistenti. Forniamo ancora il metodo Monte Carlo simulated annealing (SA) della 2.4 e precedenti. L’Algoritmo Genetico Lamarckiano (LGA) è un grande miglioramento dell’Algoritmo Genetico, ed entrambi i metodi genetici sono molto più efficienti e robusti di SA.
Mailing List e Forum
Abbiamo stabilito una mailing list e un forum per gli utenti di AutoDock. Qui ci sono maggiori informazioni sulla Lista AutoDock (ADL). L’URL del forum è http://mgl.scripps.edu/forum.
Cos’è AutoDockTools (ADT)?
Abbiamo sviluppato e continuiamo a migliorare il nostro front-end grafico per AutoDock e AutoGrid, ADT (AutoDockTools). Funziona su Linux, Mac OS X, SGI IRIX e Microsoft Windows. Abbiamo anche nuovi tutorial, insieme a file di esempio di accompagnamento.
Dove viene usato AutoDock?
AutoDock è stato distribuito a più di 29000 utenti in tutto il mondo. Viene utilizzato in contesti accademici, governativi, non-profit e commerciali. Nel gennaio del 2011, una ricerca dell’ISI Citation Index ha mostrato che più di 2700 pubblicazioni hanno citato i documenti primari dei metodi AutoDock.
AutoDock è ora distribuito sotto la licenza open source GPL ed è liberamente disponibile per tutti. A causa delle restrizioni di incorporare software con licenza GPL in altri codici allo scopo di ridistribuirli, alcune aziende potrebbero desiderare di licenziare AutoDock sotto un accordo di licenza separato – che possiamo organizzare. Per favore contattate il Prof. Arthur J. Olson al + 1 (858) 784-2526 per ulteriori informazioni.
Perché usare AutoDock?
AutoDock è stato ampiamente utilizzato e ci sono molti esempi della sua applicazione di successo nella letteratura (vedi Riferimenti); nel 2006, AutoDock è stato il software di docking più citato. È molto veloce, fornisce previsioni di alta qualità delle conformazioni dei ligandi e buone correlazioni tra le costanti di inibizione previste e quelle sperimentali. AutoDock ha anche dimostrato di essere utile nel docking cieco, dove la posizione del sito di legame non è nota. Inoltre, AutoDock è un software libero e la versione 4 è distribuita sotto la GNU General Public License; è anche facile da ottenere.
Esegui il tuo progetto di ricerca AutoDock su World Community Grid!
La tua ricerca gira su AutoDock? Se sì, potresti essere idoneo a beneficiare della potenza di calcolo gratuita di World Community Grid per accelerare la tua ricerca. AutoDock è già stato “grid-enabled” dal team tecnico di World Community Grid e viene eseguito su World Community Grid con i seguenti progetti:
- Progetto FightAIDS@Home del The Scripps Research Institute.
- Discover Dengue Drugs – Together project da The University of Texas Medical Branch.
- Aiuta a combattere il cancro infantile
- Ricerca di un farmaco antivirale contro l’influenza
- GO Fight Against Malaria
Si prega di rivedere i criteri del progetto di ricerca di World Community Grid e di contattare World Community Grid se hai un’idea per una proposta di progetto o qualsiasi domanda.