Descrizione
La traccia RefSeq Genes mostra i geni noti del topo codificanti le proteine e non codificanti le proteine presi dalla NCBI RNA reference sequencescollection (RefSeq). I dati alla base di questa traccia sono aggiornati settimanalmente.
Si prega di visitare la pagina Feedback per Gene and Reference Sequences (RefSeq) per dare suggerimenti, inviare aggiunte e correzioni, o chiedere aiuto riguardo ai record di RefSeq.
Per maggiori informazioni sulle diverse tracce dei geni, vedere le nostre Genes FAQ.
Convenzioni di visualizzazione e configurazione
Questa traccia segue le convenzioni di visualizzazione per le tracce di predizione.L’ombreggiatura del colore indica il livello di revisione che il record RefSeq ha subito: predetto (chiaro), provvisorio (medio), rivisto (scuro).
Le etichette degli elementi e i colori di visualizzazione delle caratteristiche all’interno di questa traccia possono essere configurati attraverso i controlli in alto nella pagina di descrizione della traccia.
- Etichetta: Per impostazione predefinita, gli elementi sono etichettati per nome del gene. Fare clic sull’opzione Label appropriata per visualizzare il nome di adesione invece del nome del gene, mostrare sia il nome del gene che quello dell’adesione o disattivare completamente l’etichetta.
- Colorazione del codone: Per visualizzare i colori dei codoni, selezionare l’opzione codoni genomici dal menu a discesa Color track by codons. Per maggiori informazioni su questa caratteristica, vai alla paginaColora le predizioni e le annotazioni dei geni per codone.
- Nascondi i geni non codificanti: Per impostazione predefinita, vengono visualizzati sia i geni codificanti le proteine che quelli non codificanti le proteine. Se si desidera vedere solo i geni codificanti, fare clic su questa casella.
Metodi
RefSeq RNA sono stati allineati con il genoma del mouse utilizzando BLAT. Quelli con un allineamento inferiore al 15% sono stati scartati. Quando un singolo RNA allineato in più luoghi, l’allineamento con la più alta identità di base è stato identificato. Solo gli allineamenti che avevano un livello di identità di base entro lo 0,1% del migliore e almeno il 96% di identità di base con la sequenza genomica sono stati mantenuti.
Credits
Questa traccia è stata prodotta alla UCSC da dati di sequenza di RNA generati da scienziati di tutto il mondo e curati dal progetto NCBIRefSeq.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: un aggiornamento sulle sequenze di riferimento dei mammiferi.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018