Le ATPasi AAA+ sono enzimi contenenti un dominio P-loop NTPase, e funzionano come chaperon molecolari, subunità ATPasi di proteasi, elicasi o ATPasi stimolate da acidi nucleici. Tutte le sequenze e le strutture disponibili dei domini proteici AAA+ sono state confrontate allo scopo di identificare le caratteristiche definitive di sequenza e struttura di questi domini e di dedurre i principali eventi nella loro evoluzione. Una classificazione evolutiva della classe AAA+ è stata sviluppata usando metodi filogenetici standard, l’analisi della sequenza condivisa e le firme strutturali, e il clustering basato sulla similarità. Questa analisi ha portato all’identificazione di 26 famiglie principali all’interno della classe AAA+ ATPase. Descriviamo anche la posizione delle ATPasi AAA+ rispetto alle classi RecA/F1, superfamiglie di elicasi I/II, PilT e ABC di NTPasi P-loop. La classe AAA+ sembra aver subito una radiazione precoce nelle cladi clamp-loader, DnaA/Orc/Cdc6, AAA classica e “pre-sensor 1 beta-hairpin” (PS1BH). All’interno del clade PS1BH, chelatasi, MoxR, YifB, McrB, Dynein-midasina, NtrC, e MCMs formano un insieme monofiletico definito da un distinto inserto nell’elica-2 del nucleo ATPasi conservato, e un segmento elicoidale aggiuntivo tra il dominio ATPasi del nucleo e il fascio alfa-elicoidale C-terminale. Almeno 6 distinte proteine AAA+, che rappresentano i diversi cladi principali, sono riconducibili all’ultimo antenato comune universale (LUCA) della vita cellulare esistente. Inoltre, le elicasi della superfamiglia III, che appartengono al gruppo PS1BH, erano probabilmente presenti in questa fase in repliconi “egoisti” simili a virus. La successiva radiazione maggiore, alla base dei due regni procariotici, batteri e archei, ha dato origine a diversi chaperoni distinti, subunità ATPasi di proteasi, elicasi del DNA e fattori di trascrizione. La terza radiazione maggiore, all’inizio dell’evoluzione eucariotica, ha contribuito all’origine di diversi adattamenti specifici degli eucarioti legati alle funzioni nucleari e citoscheletriche. Le nuove relazioni e i domini precedentemente non rilevati qui riportati potrebbero fornire nuove piste per indagare la biologia delle ATPasi AAA+.