このプロジェクトの批判者は、受益国は地域外から水を輸入する前に、自国の水の管理を改善すべきだと主張します。 バイーア州のルイス・フラビオ・カピオ司教も、サンフランシスコ川の流域に3百万人もの貧困層が住み、その多くが水道や適切な衛生設備を持たないのに、なぜ水を輸出するのか、と疑問を呈しています。 彼は、「人々の現実にもっと近い他のプロジェクトに使うことができる莫大な資源を、この移送に要求することになる」と主張している。 また、このプロジェクトが主に恩恵を受けるのは、すでに灌漑インフラが整備されている富裕層の農民であり、干ばつの被害を最も受ける天水農家ではないと言われている。 乾季のサンフランシスコ川そのものの水量が不足し、水生生態系に影響を与えるというのも、批判的な意見のひとつだ。 例えば、セルジッペ州知事のジョアン・アルヴェス・フィルホは、川が海に合流する地点ですでに「死滅の兆候」が見られると言う。 また、反対派のマルコ・アントニオ・タバレス・コエーリョは、「乾燥はセルタンの自然な状態」であり、それを浸すことは「北極の氷を取り除く」ようなものだと言う。 2001年、世界銀行は貧困と干ばつ対策としての効果が限定的であるとして、このプロジェクトへの融資を拒否したと伝えられている
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