上で取り上げた多くの最近の進歩にもかかわらず、線虫のフェロモンシグナルに関する我々の理解は、特に自然の生息地と顕著な生態的相互作用の文脈では限定的である。 この分野の研究者が現在直面している問題の2つの大きなカテゴリーを特定し、システム生物学者がこの努力に貢献できる方法を提案することによって、このレビューを締めくくる：
I.
自然生息地におけるアスカロシドフェロモンの生産と持続-フェロモンはどのようにして個人の経験に関する情報を伝えるのか？ a.
目標1：フェロモンの空間分布を明らかにする
動物がフェロモンをどの程度恒常的に、あるいは状況に応じて放出しているかは不明である。 また、フェロモンブレンドの個々の分子が独立して放出されるのか、協調的なパルスで放出されるのかについても不明である。 これらの疑問を解決することは、線虫がフェロモンシグナルをどのように経験するかを理解するために必要である。 アスカロシドは線虫の生息する環境では容易に拡散することが予想される。 このため、線虫は異なる発信源から発信されたシグナル（発信源から発せられる勾配、または複数のアスカロシドからなる個別の「パケット」）をどのように識別しているのかという疑問が生じる。 質量分析イメージング法は、アスカロシドフェロモンなどの化合物の空間分布を特徴付けるために使用できる可能性のある技術である b.
目標2：フェロモン分布が時間とともにどう変化するかを明らかにする環境中に放出した後にアスカロシドフェロモンがどうなるか、修飾または分解を受けるかどうかはほとんど不明である。 化学部位や脂肪酸鎖が異なることから、異なるアスカロシドの分解や拡散の速度が異なる可能性が示唆される。 これらの速度を実験的に測定することで、動物が異なるフェロモン源をどのように区別するのか、また、異なるアスカロシド成分の分解や修飾の差に基づいて、送り手がいつシグナルを放出したかを受け手が推定できるのかを明らかにすることができるだろう。 自然の生息地では、他の線虫の種、病原体、または食餌に反応して、異なるアスカロシドが放出される可能性がある。 さらに、C. elegansの自然生息域に存在する非エレガンス由来のアスカロシドについては、まだ十分に解明されていない。 メタボロミクスは、線虫を含む環境試料に含まれるフェロモンを調査するために用いることができる。
受信側の神経回路によるフェロモンの感知-送り手から伝えられたメッセージは、受信側でどのように解読されるのだろうか。
a.
目標1：線虫の化学受容体とアスカロシドリガンドを実験的に結びつける
線虫はアスカロシドの感知に数百とは言わないまでも数十の化学受容体遺伝子を捧げているようだが、リガンドと受容体の対応はまだほとんど分かっていない。 ショウジョウバエやヒトでは、大規模な異種アッセイにより、多数の受容体と特定の匂い物質との関連付けが行われてきた。 線虫ではフェロモン受容体を同定するために低スループットの異種間アプローチが用いられてきたが、これらの実験はゲノムワイドレベルに拡大することが可能である。 異種エッセイから有望な候補は、CRISPRを使用してin vivoで容易にテストすることができる。
Goal 2: In silico predict ascaroside/chemoreceptor pairs
並行して、リガンドドッキングと分子力学を使用して、タンパク質配列情報のみに依存して、与えられた化学受容体に結合するアスカロシドのフェロモンを予測することが可能である。 もし成功すれば、この方法は、ゲノム配列を持つ近縁の線虫の数が増えているため、拡張することが可能である。 種によってフェロモンの放出に関連して、アスカロシドの感覚はどのように変化するのか？ c.
Goal 3: アスカロシド信号の処理に使用される感覚ニューロンの特性化
候補アスカロシド結合 GPCR の識別は、どのニューロンがそれらを発現するかを決定するために使用でき、フェロモン信号処理専用の神経系の感覚部分の詳細なマップが提供される。 Gαタンパク質発現の同様に詳細な（単一ニューロンの分解能）マップ、およびGPCRとGαタンパク質間の物理的接触を特定する実験と組み合わせることにより、神経系によるアスカロシド検出を特徴づける特異性とシグナル分離を生み出す分子メカニズムに関する仮説の検証に役立つだろう。