IgG、Fabフラグメント、scFvなどの他の抗体フォーマットと比較して、VHHドメインは多くのユニークな特性と利点を持っています。
まず、CDRループがたった3つと長いCDR3配列という傾向から、従来のIgGと比較してVHHは異なる、しかし重なり合ったエピトープ空間をカバーしていることがあげられます。 一般に、直鎖状ペプチドエピトープよりもネイティブで不連続なコンフォメーションエピトープに結合する傾向があるようである。 例外として、クロモテックの抗スポットタグVHHと抗Myc VHHは、それぞれ小さな線状ペプチドタグを認識します。
VHH は、バクテリアから酵母、哺乳類細胞まで、さまざまな異なる発現システムで生産することが可能です。 従来の IgG と同様に、さまざまな (蛍光) 染料、ビオチン、その他の低分子で標識することができます。 また、アガロースビーズやその他のマトリックスなどの表面に共有結合させることも可能である。 また、部位特異的な機能化や化学量論的な標識の付加も可能です。
VHHはその小さなサイズ（約12-15kDa）と一本鎖構造により、超解像顕微鏡や組織浸透、FRETやECLベースの技術など、従来の4ペプチド鎖IgG（150kDa）の大きなサイズが不利なアプリケーションに好適です。
重要なことは、VHHドメインは遺伝子融合や他の組み換え抗体とのコンジュゲーションによって、二重特異性抗体フォーマットを作り出すのに完全に適しているということである。 さらに、完全なIgGとは対照的に、ある種のVHHは細胞内で遺伝的に発現させることができ、それぞれの細胞内標的タンパク質に結合することができます。 GFPやRFPなどの蛍光タンパク質と融合させることにより、これらのsdAbsはin vivoで内因性標的構造の細胞内可視化に使用することができます。 ChromoTekでは、アクチン、PCNA、核膜、その他の細胞骨格や核構造をin vivoで可視化するためのクロモボディと呼ばれる様々なVHH-FP融合体を提供しています
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