染色体腕のコード化 1p & 19q
染色体腕1pと19qの複合欠損は、乏突起膠腫と退形成性乏突起膠腫の大部分に、また、かなりの数の乏突起細胞腫と退形成性乏突起細胞腫で起こります。 これは、19番染色体と1番染色体の間のアンバランスな全腕転座の結果であり、派生染色体であるt(1p;19q)が失われたものである。 この染色体異常は強い予後因子であり、化学療法および放射線療法に対する反応性の予測因子でもある。
染色体1pと19qのコードレーションは乏突起膠細胞腫瘍形成における初期の遺伝的イベントである。 その予測的影響はCairncrossらによって初めて報告され、退形成性乏突起膠腫におけるプロカルバジン、ロムスチン、ビンクリスチン（PCV）レジメンへの反応および無増悪生存期間の長い予測因子であることが実証された。 1p/19qコードレーションはまた、放射線治療を受けた乏突起膠腫患者においてより良い転帰を予測することが実証されている。 低悪性度乏突起膠腫と退形成性乏突起膠腫の両方において、1p/19q欠失は化学療法、放射線療法またはその両方の後の無増悪生存期間と全生存期間の延長を予測するものである。 生存期間中央値は、1p/19qコードレーションを有する低悪性度乏突起膠腫では12～15年、退形成性乏突起膠腫では7年以上であり、グレードIを有しない場合はそれぞれ5～8年、2～3年であった。 1p/19qの欠損が治療効果の予測因子なのか、単に異なる自然史を示しているのかはまだ不明であり、利用可能なデータは矛盾している。一方、Wellerらは、放射線療法および化学療法を受けなかったグレードIIおよびIIIの乏突起膠腫患者において1p/19q状態による予後の差を認めていない。 一方、Ricardらは、1p/19qコードレーションと非コードレーションのgrade II腫瘍では、成長速度が有意に遅いことを明らかにした。
1p染色体の完全欠損と部分欠損の区別は、予後を左右するため特に重要である。1p染色体の遠位部分欠損はアストロサイト腫瘍で起こり、予後不良と関連するが、1p染色体の全体欠損（19q全体欠損と関連）はオリゴデンドログリア腫瘍によく見られる特徴で、この腫瘍型では好転する予知である。 FISH法（特に1p36遺伝子座のみを検査する場合）やマイクロサテライトマーカー分析のような広く用いられている手法では、この完全な1p/19q欠失を部分欠失と明確に区別できないことがある。 1p欠損の両タイプを区別し、t(1q;19p)を同定するには、比較ゲノムハイブリダイゼーションアレイや染色体アームペインティングなど、より特異的で強力な方法を優先すべきなのである。 高密度ゲノムマッピングを含む、転座に関与すると推定される遺伝子を特定するこれまでの努力はすべて失敗に終わり、この転座を駆動するメカニズムは不明のままである。
1p/19q転座はTP53変異やEGFR増幅と相互に排他的であり、MGMTプロモーターメチル化との関連が多く、常にIDH1またはIDH2変異と関連している（後述）。 MGMTプロモーターの過剰メチル化は、1p/19qコードレット腫瘍では、1pおよび/または19qインタクト腫瘍と比較して有意に頻度が高く、メチル化CpG部位の割合も有意に高いことが示された。 1p/19q コードレット グリオーマにおける MGMT プロモーターメチル化の高い頻度は、その化学的感受性の一因である可能性がある。 マイクロアレイ遺伝子発現により、1p/19qコードレットグリオーマは、高悪性度グリオーマの良好な予後と関連する傾向のある遺伝子発現プロファイルを有していることが示された。 これらのproneural遺伝子のうち、最も発現が異なっていたのは、神経線維相互作用タンパク質であるα-internexin（INA）をコードするINAであった。 神経膠腫における1p/19qコードレーションの単純で信頼できるマーカーを同定する試みとして、122個の神経膠腫のシリーズでINAの発現を免疫組織化学的に評価した。 乏突起膠腫では、INA発現は、特異度86％、感度96％、陽性予測値76％、陰性予測値98％の1p/19qコードレーションの代用マーカーであることがわかった。 グレードIIIのグリオーマでは、1p/19qコードレーションと同様に、INA発現陽性は無増悪生存期間（52.6カ月対8.7カ月）および全生存期間（121.1カ月対31.4カ月）と相関があった。
低悪性度乏突起膠腫と退形成性乏突起膠腫の両方で強い予後因子であり，化学療法と放射線療法の両方に対する反応を予測できるため，1p/19qコードレットは現在選択基準として用いられている（例えば． 1p/19qコードレションは現在進行中の臨床試験において選択基準（例：退形成性グリオーマにおける欧州がん研究治療機構26053-22054試験およびNorth Central Cancer Treatment Group N0577試験）または層別基準（例：低悪性度グリオーマにおけるEORTC 22033-26033 試験およびECOG E3F05試験）に用いられています
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