菊藻綱（黄金藻）は、黄金色の葉緑体をもつ異種藻類である。 単細胞のものが多いが、コロニー型や単純な多細胞のものも知られている。 基本的に独立栄養性であるが、混合栄養性種や無色従属栄養性種も多く存在する。 従属栄養生物であるSpumellaやParaphysomonasは、下層消費者として重要な役割を果たす。 菊藻は主に淡水に生息するが，一部の種（特に従属栄養種）は海洋に多く生息する。
細胞は裸か鱗片，ロリカ，細胞壁で覆われている。 鞭毛虫細胞は通常2本の異動鞭毛を持つが，後方（1番）の鞭毛が減少することもある。 鞭毛の前部（2番）には管状のマスティゴネームがあり，横方向のフィラメントを持つ。 混合栄養種と従属栄養種は、分裂したR2微小管を通じて粒子（バクテリアなど）を巻き込む。 光合成の主要なカロテノイドがフコキサンチンであるため、菊藻の葉緑体は黄金色に輝く。 二元分裂、胞子形成などによる無性生殖。 有性生殖は一部の種で報告されている。 有性生殖、無性生殖により、珪酸質壁に囲まれたシスト、静止胞子を形成する。 この静止胞子は微化石となり、古環境復元に利用される。