抗がん剤アドリアマイシンとダウノマイシンは、それぞれDNA配列d(CGATCG)の結晶化を行い、複合体の三次元構造をそれぞれ1.7Aと1.5Aの分解能で解きました。 これらの抗癌剤は臨床的性質が大きく異なるが、化学的な違いはアドリアマイシンのC14の水酸基が追加されていることのみである。 これらの複合体では、発色団はDNAらせんの両端にあるCpGステップにインターカレートされ、アミノ糖は小溝に伸長している。 d(CGATCG)に結合したダウノマイシンの構造が解明されたことにより、以前に報告されたd(CGTACG)に結合したダウノマイシンの構造と比較することが可能になった。 2つのダウノマイシン複合体は類似しているが、インターカレーション部位の外側のA-T塩基対へのアミノ糖の結合には興味深い配列依存性が見られる。 ダウノマイシンとd(CGATCG)の複合体は、d(CGTACG)との複合体よりも結合が強固であり、このアントラサイクリン薬の結合における配列優先性を推論させるものであった。 d(CGATCG)を持つダウノマイシンとアドリアマイシンの構造は非常によく似ている。 しかし、アドリアマイシンのC14水酸基とDNAをつなぐ溶媒相互作用がさらに存在する。 驚くべきことに、変化した溶媒和の影響下で、これら2つの複合体におけるスペルミンのコンフォメーションにかなりの違いが見られる。 このように三元複合体の全体構造の変化は、これら2つの抗生物質のわずかな化学的差異を増幅し、これらの重要な薬剤の臨床活性が大きく異なることの説明となる可能性がある。