3D-NuSについて
3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures)は、右手i）非正規塩基対を持つ分子内DNA/RNA二重鎖とそのキメラ型& ii）RNA-DNA hybrid二重鎖の3D構造のモデル化と視覚化を行うウェブサーバです。 iii) 左手型Z-DNA/Z-RNA二重鎖、iv) 三重鎖、vi) 分子内/分子間G-quadruplexを自動で解析することができる。 また、モデル化された構造に対応するコンフォメーションのアンサンブルを生成する。
3D-NuSは、正規の塩基対に加え、すべてのミスマッチの組み合わせを含むDNAおよびRNA二重鎖を自動で構築する。 3D-NuSは、異なるタイプのRNA/DNA鎖の組み合わせと異なる鎖の方向性に対して、様々な形態の三重鎖および四重鎖を構築する機能を備えています。 現在、3D-NuSは80種類の三重鎖、58種類の分子内／分子間四重鎖、Z DNA/RNA、DNA/RNAキメラモデル、ミスマッチを含むDNAやRNA二重鎖、RNA-DNA複合二重鎖のエネルギー最小化モデルをユーザー定義の配列と長さで生成することができます。 これらの詳細については、ドキュメントおよび対応する分子モデリングページに記載されています。
