Chromosome conformation capture (3C) methods may measure DNA contact frequencies based on nuclear proximity ligation, to uncover in vivo genomic folding patterns. 4C-seqは3C法の派生型であり、選択したゲノム上の関心部位に接触する配列をゲノムから探索するように設計されている。 4C-seqでは、inverse PCRと次世代シーケンサーを用いて、近接結合したDNA断片を増幅、同定、定量します。 限られた量のシーケンシングリードをもとに、選択されたゲノム部位に対する高解像度の接触プロファイルを生成します。 4C-seqは、ゲノム構成の多面的な研究に使用することができます。 例えば、エンハンサーとプロモーターの間の制御クロマチンループや、コヒーシンとCTCFの関連ドメイン境界間のアーキテクチャークロマチンループを形成する、個々の制御DNAモジュール間の特定の長距離DNA接触の同定に主に役立っています。 さらに、4C-seq接触プロファイルは、接触ドメインの輪郭を明らかにし、同じ核区画を共占有する構造ドメインを特定することができる。 ここでは、最適化されたPCRおよび4Cテンプレート精製戦略を含む、サンプル調製および4C-seqシーケンスライブラリ作成のための改良されたステップバイステッププロトコルを紹介する。 さらに、マルチプレックス4C-seqリードをFASTQファイルから直接処理し、標準的なゲノムブラウザと互換性のあるファイルを生成するデータ処理パイプラインを提供し、peakCによるピークコールなどデータのさらなる統計解析を可能にします。 このプロトコルとパイプラインにより、誰でも簡単に高解像度4Cコンタクトデータセットを生成し、可視化し、解釈することができるようになります。