Acariformesは、SarcoptiformesとTrombidiformsの2つに大別される。 また、以前は原始的な形態を含む準系統群であるEndeostigmataも区別されると考えられていました。 後者は、菌類、藻類、線虫、ワムシ、クマムシなどの軟体無脊椎動物などの固形物を摂取する、あまり研究されていない微細な軟体ダニ類10科のみから構成されている。 これらのクレードは以前は亜目とされていたが、これではダニ類を十分に正確に分類できず、より現代的な扱いでは廃止されている。エンデオスティグマータは単独で亜目を形成すると考えるか（古い見解）、主に Sarcoptiformes に含まれ、両グループは単系統となるなど様々な見解がある。
もう一つのグループとしてActinedidaがよく挙げられますが、今回のような処理では、これはSarcoptiformes（以前は別のEndeostigmata）とTrombidiformes（「Actinedida」の大部分を含む）に分割されており、「典型的」Oribatidaと AstigmatinaではないすべてのAcariformesを統合して大規模なパラファイオティック「廃棄物タクソン」であると思われるからです。 Trombidiformesは独自の問題を抱えている。 トロンビダ科の中でも、Sphaerolichidaという小さなグループが最も古い系統であるように思われる。 しかし，前足類はAnystinaとEleutherengona，Eupodinaにいろいろと細分化されている。 これらのグループの区切りや相互関係は全く不明である。一方、ほとんどの分析では、後者2つのうち1つはAnystinaのサブグループであるが、もう1つはそうではない。これらの相互に矛盾する仮説はどちらもあまり強固ではない。おそらくこれは、系統解析ソフトウェアが通常2分化しない系統を扱う際に失敗することによる単純なエラーなのだろう。 したがって，当面は3つのプロスティグマタン系統のそれぞれを他の2つの系統と同等に区別して考えるのがよいだろう。